| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,588,911 | C→T | 16.3% | S138S (TCG→TCA) | gadE ← | DNA‑binding transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,588,911 | 0 | C | T | 16.3% | 173.9 / 18.5 | 103 | S138S (TCG→TCA) | gadE | DNA‑binding transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/63); new base T (8/9); total (31/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTA > minE/2588844‑2588971 | ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGGGTCg > 1:2526367/1‑69 (MQ=255)ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:2008389/1‑69 (MQ=255)ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:1433840/1‑69 (MQ=255)ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:1440101/1‑69 (MQ=255)ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:925478/1‑69 (MQ=255)ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCg > 1:1058316/1‑69 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:2025964/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:746878/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:2270225/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:562991/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:3360574/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:1540180/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:3134319/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:2570626/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:2834800/66‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGa < 1:1304467/66‑1 (MQ=255) ttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGt < 1:1836921/68‑1 (MQ=255) ttCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGt < 1:1220909/68‑1 (MQ=255) tCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:1586551/69‑1 (MQ=255) cTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:1445433/69‑1 (MQ=255) cTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:66/69‑1 (MQ=255) cTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:1215251/69‑1 (MQ=255) cTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:1517379/69‑1 (MQ=255) cTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:134675/69‑1 (MQ=255) ttGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATAtt < 1:2384552/68‑1 (MQ=255) tGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGTAATATTGAGCGTc < 1:1106103/56‑1 (MQ=255) tGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTc < 1:1215392/56‑1 (MQ=255) tGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTc < 1:2313110/56‑1 (MQ=255) cATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:2788357/59‑1 (MQ=255) cATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:2898030/59‑1 (MQ=255) cATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTACGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:2009462/59‑1 (MQ=255) cATAATGTAGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGa < 1:1051857/59‑1 (MQ=255) aaTGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCTAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCatt > 1:2440647/1‑69 (MQ=255) aaTGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCttt > 1:2278496/1‑65 (MQ=255) aaTGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCatt > 1:1870015/1‑69 (MQ=255) aTGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCatt > 1:271595/1‑68 (MQ=255) aTGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCatt > 1:2003960/1‑68 (MQ=255) gTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttt > 1:2580484/1‑69 (MQ=255) gTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttt > 1:613254/1‑69 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:3284099/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:2667090/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:170344/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:3276901/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:3354376/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:3414034/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:28309/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCattt < 1:1768463/66‑1 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttta > 1:2155580/1‑69 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttta > 1:3139826/1‑69 (MQ=255) ttGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCattttta > 1:3194242/1‑69 (MQ=255) tGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAg < 1:2913488/68‑1 (MQ=255) tGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAg < 1:1501698/68‑1 (MQ=255) tGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAg < 1:223301/68‑1 (MQ=255) tGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAg < 1:2777195/68‑1 (MQ=255) tGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAg < 1:670100/68‑1 (MQ=255) tCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATc < 1:2469817/68‑1 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:668581/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:1830642/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:1206429/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:1219670/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:3125939/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:2599967/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtt > 1:1498226/1‑69 (MQ=255) tgttgCGAAATGTTGAGCGTTGACGTGATATTGCTTTCATTTTTGTTTTTCAGAATCAGTTGCATAAt > 1:1199488/1‑68 (MQ=255) aaaTATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACt < 1:1106174/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTTTTTTTc < 1:443146/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:3230559/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:3154726/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:975617/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1140012/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1893281/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1784503/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:2237371/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:162407/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:2239414/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:2479650/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:2243378/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:175305/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1723827/41‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:1295768/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:1938745/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:1101500/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:807879/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:188665/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:1785173/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:3326101/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:1716481/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2528953/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2543220/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2980185/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGAt < 1:2969549/69‑1 (MQ=255) tatTGAGCGGCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:2383143/41‑1 (MQ=255) tttGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1042003/39‑1 (MQ=255) atTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTc < 1:1499832/40‑1 (MQ=255) ttGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTa > 1:235268/1‑69 (MQ=255) ttGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTa > 1:3243685/1‑69 (MQ=255) ttGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTa > 1:251643/1‑69 (MQ=255) ttGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTa > 1:2651276/1‑69 (MQ=255) cGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTg > 1:2188681/1‑55 (MQ=255) cGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTg > 1:3026661/1‑55 (MQ=255) | TTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTA > minE/2588844‑2588971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |