| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 222,921 | G→A | 30.8% | L185L (TTG→TTA) | lpcA → | D‑sedoheptulose 7‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 222,921 | 0 | G | A | 30.8% | 105.0 / 51.8 | 110 | L185L (TTG→TTA) | lpcA | D‑sedoheptulose 7‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/22); new base A (21/13); total (75/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CCGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGTTTACGC > minE/222853‑222976 | ccGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGttg > 1:305386/1‑69 (MQ=255)ccGCACTTTGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGttg > 1:2849900/1‑69 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2512284/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2442194/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:3386078/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:3400884/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:253358/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2130265/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2057716/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:199497/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:631941/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:725279/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:2752021/69‑1 (MQ=255) tttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGaa < 1:1538554/69‑1 (MQ=255) ttGGTTATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCTCATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGaaa < 1:2226807/69‑1 (MQ=255) tATGCCGACCGCATTCAGGAGATTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAaga < 1:443875/68‑1 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAgaga > 1:2719905/1‑69 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAgaga > 1:660211/1‑69 (MQ=255) aTGCCGACCGCATTCAGGAGATCCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAgaga > 1:806770/1‑69 (MQ=255) 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agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:3263733/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2577965/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2583744/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2636427/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:106620/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2147134/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:1414966/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:206349/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:2039083/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:1481242/1‑68 (MQ=255) agaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTgg > 1:1712489/1‑68 (MQ=255) gaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg < 1:819745/69‑1 (MQ=255) gaTTCACATTAAAGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg < 1:3246836/69‑1 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCt < 1:3059548/55‑1 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCt < 1:2092245/55‑1 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCt < 1:256458/55‑1 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCt < 1:352617/55‑1 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:760076/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:639738/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:3142604/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:863166/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:1024626/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:3409843/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:1553626/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:23509/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:1580426/1‑67 (MQ=255) aaaGTGATCCATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCgg > 1:2194129/1‑67 (MQ=255) ccATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:614285/69‑1 (MQ=255) ccATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:2702273/69‑1 (MQ=255) ccATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:1482118/69‑1 (MQ=255) ccATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:384038/69‑1 (MQ=255) cATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:1920437/68‑1 (MQ=255) cATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:2384037/68‑1 (MQ=255) cATATCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAAAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:1757580/68‑1 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt > 1:1237636/1‑64 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt > 1:1781474/1‑64 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt > 1:485328/1‑64 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:429346/64‑1 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt > 1:34383/1‑64 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGtt < 1:3143352/64‑1 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGTTTAcgc > 1:2113097/1‑69 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGTTTAcgc > 1:2003742/1‑69 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGTTTAcgc > 1:2766489/1‑69 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGTTTAcgc > 1:503137/1‑69 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGTTTAcgc > 1:1840175/1‑69 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTGATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCGTAGGCCGGATAAGACGTTTAcgc > 1:1673041/1‑69 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg > 1:1295682/1‑46 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg > 1:714826/1‑46 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg > 1:1286214/1‑46 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg > 1:850652/1‑46 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg > 1:8974/1‑46 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg > 1:1985764/1‑46 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg > 1:2351393/1‑46 (MQ=255) tCCTGATCCAGTTAATTGAAAAAGAGATGGTTAAGTAAGTCTGGCg > 1:2475356/1‑46 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |