| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,589,911 | T→C | 29.0% | intergenic (‑587/+212) | gadE ← / ← hdeD | DNA‑binding transcriptional activator/acid‑resistance membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,589,911 | 0 | T | C | 29.0% | 115.9 / 53.4 | 117 | intergenic (‑587/+212) | gadE/hdeD | DNA‑binding transcriptional activator/acid‑resistance membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/33); new base C (15/19); total (65/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTAATTTGCCATAGA > minE/2589847‑2589961 | gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTAc > 1:730461/1‑67 (MQ=255)gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:2642124/1‑68 (MQ=255)gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:297217/1‑68 (MQ=255)gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:1216980/1‑68 (MQ=255)gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:1220390/1‑68 (MQ=255)gCATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACg > 1:2043102/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:3362965/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:2650109/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:2758618/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:2323312/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:3047092/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:797899/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:156296/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:1487276/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:1466962/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:1103063/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:125393/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACgg > 1:1243066/1‑68 (MQ=255) cATCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACg > 1:2924488/1‑67 (MQ=255) tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:238328/1‑68 (MQ=255) tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:2852067/1‑68 (MQ=255) tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:1286517/1‑68 (MQ=255) tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:882188/1‑68 (MQ=255) tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:1745237/1‑68 (MQ=255) tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:311084/1‑68 (MQ=255) tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaa > 1:3306879/1‑68 (MQ=255) tCAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTAAGGaa > 1:2157647/1‑68 (MQ=255) cAACGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaaaa < 1:974652/69‑1 (MQ=255) aaCGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat > 1:2865305/1‑69 (MQ=255) aaCGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat > 1:2704968/1‑69 (MQ=255) aaCGCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat > 1:487619/1‑69 (MQ=255) gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:1792896/69‑1 (MQ=255) gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:96515/69‑1 (MQ=255) gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:2484458/69‑1 (MQ=255) gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:165552/69‑1 (MQ=255) gCTTACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATc < 1:2710243/69‑1 (MQ=255) tACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGc > 1:2445059/1‑69 (MQ=255) tACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGc < 1:663738/69‑1 (MQ=255) tACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGc > 1:2177140/1‑69 (MQ=255) tACGGAACTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGc > 1:2064152/1‑69 (MQ=255) aCTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGAt < 1:3049405/69‑1 (MQ=255) aCTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGAt < 1:1108466/69‑1 (MQ=255) aCTCTTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGAt < 1:3232020/69‑1 (MQ=255) ctctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGAt < 1:1486469/68‑1 (MQ=255) ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATaa > 1:2891341/1‑68 (MQ=255) ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:821885/1‑69 (MQ=255) ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:2814134/1‑69 (MQ=255) ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:2360113/1‑69 (MQ=255) ctTTGTTCACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:2696676/1‑69 (MQ=255) ctTTGTACACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAAt > 1:442464/1‑69 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:837226/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:3380498/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:825624/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:939076/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:3282604/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2490892/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:201896/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2551002/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2021787/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2202291/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:1608798/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2292709/68‑1 (MQ=255) cACTTTCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa < 1:2376879/68‑1 (MQ=255) ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGaaatt < 1:2394602/43‑3 (MQ=255) ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat < 1:1817831/43‑1 (MQ=255) ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat < 1:518909/43‑1 (MQ=255) ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAat < 1:1004305/43‑1 (MQ=255) ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTg > 1:1886449/1‑63 (MQ=255) ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGa > 1:2209924/1‑64 (MQ=255) ttCCCACAGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACTACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATg > 1:2293002/1‑68 (MQ=255) acaTCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2988450/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:52670/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:792614/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:507702/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:137803/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:429154/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:1021631/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:3391609/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:1811078/67‑1 (MQ=255) acaGCACTTTTAAAACATTAAACCTGACCACGGAAAATATCAGCCATGATAATGTTTGAAATGGCTa < 1:2597740/67‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |