| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,605,152 | G→A | 44.0% | D90D (GAC→GAT) | uspA ← | universal stress global response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,605,152 | 0 | G | A | 44.0% | 24.1 / 62.5 | 84 | D90D (GAC→GAT) | uspA | universal stress global response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/35); new base A (26/11); total (38/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCAT > minE/2605089‑2605219 | gtgACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTcgcc > 1:287552/1‑69 (MQ=255)gtgACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTcgcc > 1:1946765/1‑69 (MQ=255)gtgACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTcgcc > 1:2098185/1‑69 (MQ=255)gtgACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTcgcc > 1:3344517/1‑69 (MQ=255) aaTCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGttt < 1:1684109/69‑1 (MQ=255) aaTCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGttt < 1:1663532/69‑1 (MQ=255) aaTCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGttt < 1:2569351/69‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:2497888/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:1785107/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:2167853/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:1674551/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:1623141/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:571291/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:614975/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:618938/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:636454/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:2806898/65‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:605835/68‑1 (MQ=255) tatCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:318382/68‑1 (MQ=255) atCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCa < 1:718629/64‑1 (MQ=255) atCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:2623329/67‑1 (MQ=255) tCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGAt > 1:668818/1‑68 (MQ=255) tCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGG‑TTCAGTGATTg > 1:1001644/1‑69 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:3132183/64‑1 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:245473/64‑1 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:731157/64‑1 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:2428327/64‑1 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:2469931/1‑64 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:2844913/64‑1 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:2501766/1‑64 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:2285257/64‑1 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:1679538/64‑1 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:3029284/1‑64 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:433386/64‑1 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:1407645/1‑64 (MQ=255) gTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:1713747/1‑64 (MQ=255) gTATTTATGGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg > 1:3435846/1‑64 (MQ=255) tATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTg < 1:478310/63‑1 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2750070/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2560152/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2657515/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:1223497/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2459769/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:3382677/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:3386643/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:3132344/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:2025149/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGc > 1:1962424/1‑69 (MQ=255) gATTGCATCGACCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGACTga > 1:3404884/1‑68 (MQ=255) ttGAATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTg < 1:2071997/66‑1 (MQ=255) tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:3203610/69‑1 (MQ=255) tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:533600/69‑1 (MQ=255) tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:2521885/69‑1 (MQ=255) tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:2453575/69‑1 (MQ=255) tGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:439178/69‑1 (MQ=255) tcATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCAtt < 1:1759393/67‑1 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGtt > 1:1474804/1‑39 (MQ=37) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGtt > 1:2155072/1‑39 (MQ=37) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTggg > 1:1944741/1‑51 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:3263478/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:3299231/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:719239/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:1022708/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:284959/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:1221045/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:2461236/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:2414758/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:214753/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGaa > 1:2083268/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGa > 1:1396536/1‑68 (MQ=255) aCCAGTACCTGGCCCAGATCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTGGTTGa > 1:1681813/1‑68 (MQ=255) tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:951902/69‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:111531/69‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:636788/69‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:1451169/69‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:2065418/69‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:2379018/69‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:3348920/69‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTc < 1:3220854/69‑1 (MQ=255) ggCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCa < 1:1257596/69‑1 (MQ=255) ggCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCa < 1:2941705/69‑1 (MQ=255) ccAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTg < 1:1536541/69‑1 (MQ=255) cAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGc < 1:2635336/69‑1 (MQ=255) cAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGc < 1:3122584/69‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:2377565/69‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:485154/69‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:1591930/69‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:1590620/69‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:2601730/69‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:629402/69‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:1177395/69‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCat < 1:1108534/69‑1 (MQ=255) | GTGACCACAAACCACCAAATCCATATCGTATTTCTTGATTGCATCGACCAGAACCTGGCCCAGGTCGCCGCTGCCGCTCAGGGTTTCAGTGATTGGGTAGCCTGCATTAGTGGAAAGCTCGGTCAGTGCAT > minE/2605089‑2605219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |