| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,606,922 | G→A | 23.9% | T323T (ACC→ACT) | pitA ← | phosphate transporter, low‑affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,606,922 | 0 | G | A | 23.9% | 214.6 / 55.8 | 163 | T323T (ACC→ACT) | pitA | phosphate transporter, low‑affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/65); new base A (3/36); total (62/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
CACAGCATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGG > minE/2606854‑2606979 | cacaGCATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCggtg < 1:2173846/69‑1 (MQ=255)cacaGCATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCggtg < 1:1717082/69‑1 (MQ=255)cacaGCATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCggtg < 1:2718555/69‑1 (MQ=255)cacaGCATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCggtg < 1:2843203/69‑1 (MQ=255) cATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:1689083/69‑1 (MQ=255) cATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:1551752/69‑1 (MQ=255) cATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:1515626/69‑1 (MQ=255) cATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:670281/69‑1 (MQ=255) cATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 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aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:719857/65‑1 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:3133857/65‑1 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:2891279/65‑1 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:357743/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:496070/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2043421/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1715945/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2207593/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1880628/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2139613/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:694034/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa < 1:2563105/69‑1 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1362481/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1300630/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1256716/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2827362/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3422647/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3110471/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1078544/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1037388/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3195348/1‑69 (MQ=255) aTGCGGCGCATCTGGCTACGTT‑ATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:2303548/64‑1 (MQ=255) tGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa > 1:179773/1‑64 (MQ=255) gcggcgCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATAcc < 1:1892097/69‑1 (MQ=255) gcggcgCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATAcc < 1:1014233/69‑1 (MQ=255) gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:3175924/1‑69 (MQ=255) gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1983495/1‑69 (MQ=255) gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1245484/1‑69 (MQ=255) gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1192758/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:2205701/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:2065855/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:2128249/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1365214/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1098444/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:563069/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1772442/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1735308/1‑69 (MQ=255) tGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCgg > 1:1449360/1‑69 (MQ=255) ggCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCgg > 1:2635176/1‑68 (MQ=255) ggCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCgg > 1:1134932/1‑68 (MQ=255) ggCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCgg > 1:1823971/1‑68 (MQ=255) aCGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACa > 1:223840/1‑50 (MQ=255) aCGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACa > 1:3252446/1‑50 (MQ=255) aCGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACa > 1:3290201/1‑50 (MQ=255) ttGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATTCCTTTCAGGCGGTTGAgcg < 1:2248386/68‑1 (MQ=255) ttGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAgcg < 1:1001134/68‑1 (MQ=255) ttGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAgcg < 1:492337/68‑1 (MQ=255) tGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCaa < 1:1253803/44‑1 (MQ=255) tCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2599022/68‑1 (MQ=255) tCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:3259624/68‑1 (MQ=255) tCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:183933/68‑1 (MQ=255) gCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:1226190/69‑1 (MQ=255) gCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:3029564/69‑1 (MQ=255) cGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:2721929/68‑1 (MQ=255) aGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTc < 1:2490212/69‑1 (MQ=255) tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:3410290/69‑1 (MQ=255) tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:1181000/69‑1 (MQ=255) tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:2998333/69‑1 (MQ=255) tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:809385/69‑1 (MQ=255) tGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACg < 1:3175607/69‑1 (MQ=255) gTAGCTTTCGACATCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATgg < 1:2100940/56‑1 (MQ=255) 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(MQ=38) caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:324384/40‑1 (MQ=38) caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:436307/40‑1 (MQ=38) caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2306974/40‑1 (MQ=38) caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2316039/40‑1 (MQ=38) caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2425477/40‑1 (MQ=38) caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:2625363/40‑1 (MQ=38) caTCGGTAGTCAACATGCCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGtt < 1:3061858/40‑1 (MQ=38) | CACAGCATAATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGG > minE/2606854‑2606979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |