| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,606,931 | A→G | 38.8% | G320G (GGT→GGC) | pitA ← | phosphate transporter, low‑affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,606,931 | 0 | A | G | 38.8% | 48.7 / 68.4 | 102 | G320G (GGT→GGC) | pitA | phosphate transporter, low‑affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/29); new base G (3/36); total (36/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCAGGCGGTTGAGCGCGTTAATGGTATTCGACGGATGGCAGTGGAACTCCGCAGGTTGCGTT > minE/2606863‑2606997 | aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa < 1:2222641/69‑1 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3195348/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2043421/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2139613/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2207593/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3110471/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:3422647/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1715945/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 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(MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1066294/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2832683/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:1256716/1‑69 (MQ=255)aTGCGGCGCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATa > 1:2827362/1‑69 (MQ=255) gcggcgCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATAcc < 1:1892097/69‑1 (MQ=255) gcggcgCATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATAcc < 1:1014233/69‑1 (MQ=255) gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1983495/1‑69 (MQ=255) gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:3175924/1‑69 (MQ=255) gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1192758/1‑69 (MQ=255) gcATCTGGCTACGTTGATCAAGCGACAGCTTGTCGTAGCTTTCCACATCGGTGGTCAACATACCTTTCa > 1:1245484/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |