| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,608,347 | C→A | 32.5% | T85T (ACG→ACT) | nikR ← | DNA‑binding transcriptional regulator, Ni‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,608,347 | 0 | C | A | 32.5% | 169.2 / 90.7 | 138 | T85T (ACG→ACT) | nikR | DNA‑binding transcriptional regulator, Ni‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/74); new base A (24/21); total (43/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CGTCACCCATGTCACCTTTCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAATGCGGCTGGCTAAGTC > minE/2608280‑2608406 | cGTCACCCATGTCACCTTTCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCg > 1:561949/1‑69 (MQ=255) cATGTCACCTTTCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGa > 1:482842/1‑68 (MQ=255) tCACCTTTCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGgag > 1:2110366/1‑69 (MQ=255) tCACCTTTCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGgag > 1:1403351/1‑69 (MQ=255) tccTTTCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGagag > 1:510737/2‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgt > 1:976270/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgt > 1:937469/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCg > 1:672569/1‑68 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:1962500/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:2196958/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:2201567/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:1783126/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:1665106/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:1654351/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:114437/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:63967/1‑69 (MQ=255) tCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCgt > 1:1259381/1‑69 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:560741/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:2410845/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:1987056/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:2060009/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:782643/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:657747/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:2345623/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:531742/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:2422476/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:2437349/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:2664431/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:2728845/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat > 1:2935058/1‑69 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:3199509/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:338830/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:371080/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:44578/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:1917526/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:152634/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:1874796/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:183659/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:1172553/69‑1 (MQ=255) cGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgat < 1:1083721/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:101448/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:195223/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:3282415/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:333752/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:2739746/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:429486/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:1415552/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:1590093/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:2066473/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:21343/69‑1 (MQ=255) gCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:216970/69‑1 (MQ=255) cGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:765458/68‑1 (MQ=255) aTTTCCAGACAGTCGTCGTTGTTGATGTTCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGttat < 1:635422/64‑1 (MQ=255) aCAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGga < 1:1541643/69‑1 (MQ=255) aCAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGga < 1:1034208/69‑1 (MQ=255) aCAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGga < 1:1994753/69‑1 (MQ=255) aCAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGga < 1:3434987/69‑1 (MQ=255) aCAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGga < 1:2136495/69‑1 (MQ=255) gtcgtcGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGAc < 1:888066/69‑1 (MQ=255) gtcgtcGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGAc < 1:387020/69‑1 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:1490485/1‑69 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:85565/1‑69 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:912637/1‑69 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:149822/1‑69 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:808701/1‑69 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:3226086/1‑69 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:6961/1‑69 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:2083835/1‑69 (MQ=255) gtcgtGATTAATGTGCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAAt > 1:2818169/1‑69 (MQ=255) gTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAATGCggct > 1:2281802/1‑69 (MQ=255) gTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAATGCggct > 1:116872/1‑69 (MQ=255) tGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAATGCggctg > 1:3143892/1‑68 (MQ=255) tGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAATGCggctg > 1:2969121/1‑68 (MQ=255) gATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgtggt < 1:128624/38‑1 (MQ=255) gATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgtggt < 1:17314/38‑1 (MQ=255) gATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgtggt < 1:236473/38‑1 (MQ=255) gATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgtggt < 1:2567313/38‑1 (MQ=255) gATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgtggt < 1:1546594/38‑1 (MQ=255) gATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgtggt < 1:1465645/38‑1 (MQ=255) gATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCgtggt < 1:2801272/38‑1 (MQ=255) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCTTGGTGATGATGCTTGGTGGAGACa < 1:1260820/54‑1 (MQ=255) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:3432073/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:19231/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:973421/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:311943/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:1831189/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:2201790/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:3357307/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:464601/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:1619454/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:2799138/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:2725514/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:2620510/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:1502119/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:1349078/54‑1 (MQ=37) tgCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:1406988/54‑1 (MQ=37) gCACATGCAGAGTAGCAACTGAGAGATCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACa < 1:1036915/53‑1 (MQ=25) cacaTGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAATGCGGCTGGCTAAGTc > 1:1074587/1‑69 (MQ=255) cacaTGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAATGCGGCTGGCTAAGTc > 1:945277/1‑69 (MQ=255) acaTGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGtgatga < 1:507178/36‑1 (MQ=255) | CGTCACCCATGTCACCTTTCAACACGGCGATTTCCAGACAGTCGTCGTGGTTGATGTGCACATGCAGCGTGGCGACGGAGAGGTCGTGGTGATGATGCTGGGTGGAGACAATGCGGCTGGCTAAGTC > minE/2608280‑2608406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |