| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,612,173 | T→C | 47.3% | K450K (AAA→AAG) | nikA ← | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,612,173 | 0 | T | C | 47.3% | 5.1 / 129.5 | 144 | K450K (AAA→AAG) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/42); new base C (30/38); total (64/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CAGCGCCTGACGTTGCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTG > minE/2612107‑2612228 | cAGCGCCTGACGTTGCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGttt < 1:2937998/69‑1 (MQ=255)cAGCGCCTGACGTTGCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGttt < 1:2805743/69‑1 (MQ=255)cAGCGCCTGACGTTGCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGttt < 1:2664645/69‑1 (MQ=255)cAGCGCCTGACGTTGCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGttt < 1:909232/69‑1 (MQ=255)cAGCGCCTGACGTTGCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGttt < 1:2049976/69‑1 (MQ=255) aGCGCCTGACGTTGCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGttt < 1:1862257/68‑1 (MQ=255) gcgcCTGACGTTGCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGttt < 1:3220972/67‑1 (MQ=255) gCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCtt > 1:1605930/1‑69 (MQ=255) gCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCtt > 1:656987/1‑69 (MQ=255) gCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCtt > 1:1727291/1‑69 (MQ=255) gCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCtt > 1:1833000/1‑69 (MQ=255) gCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCtt > 1:1335424/1‑69 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCGAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1520391/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1990788/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:2140861/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:3400185/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:252036/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:3025291/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:2928391/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1434819/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:856164/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1416129/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1393721/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:954827/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGGCGCGAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1948370/68‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTaa > 1:2390510/1‑59 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc > 1:911616/1‑66 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1124352/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc > 1:1856561/1‑66 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:2320692/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:2361051/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:3090965/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:872679/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:2471009/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:1342975/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:784578/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:445762/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:1570026/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:1509662/67‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:1144797/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:3358621/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:256070/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:3183318/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:226260/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:37215/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:2186253/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:925151/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:1813992/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:1647128/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:558410/68‑1 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAg > 1:2308674/1‑67 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:973603/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:486414/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:2671837/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:2670227/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:2212936/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:386616/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:2059906/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:1725121/1‑68 (MQ=255) aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2622900/69‑1 (MQ=255) aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2860625/69‑1 (MQ=255) aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2824295/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:593548/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:437201/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:700254/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1017639/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:3053585/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:766930/69‑1 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:624490/1‑69 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:2969060/1‑69 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:1212179/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:3259197/42‑1 (MQ=38) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2674647/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1478589/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:545659/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1550514/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1461227/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2169612/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2428159/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2461742/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:3280737/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1105405/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:142652/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:2188683/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:3013354/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:1055154/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:501918/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:56316/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCAtt > 1:1028113/1‑68 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1577264/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:3408576/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |