| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,612,185 | T→A | 45.6% | G446G (GGA→GGT) | nikA ← | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,612,185 | 0 | T | A | 45.6% | 41.9 / 166.4 | 149 | G446G (GGA→GGT) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/47); new base A (30/38); total (64/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCA > minE/2612121‑2612251 | gCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCtt > 1:9646/1‑69 (MQ=255)gCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCtt > 1:1605930/1‑69 (MQ=255)gCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCtt > 1:1335424/1‑69 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCGAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1520391/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:3271888/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:252036/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:2928391/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1990788/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:3025291/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:3058307/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:3400185/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:425787/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1434819/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1416129/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1393721/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1129454/68‑1 (MQ=255) tttCGTCATGGGGCGCGAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1948370/68‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc > 1:1856561/1‑66 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc < 1:1124352/66‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:2471009/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:2320692/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:2250279/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:2837688/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:2166849/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:872679/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:784578/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:1342975/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:1570026/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:1509662/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCt < 1:589716/67‑1 (MQ=255) tCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCAGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGc > 1:3368608/1‑66 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:3204441/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:925151/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:256070/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:2311954/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:226260/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:54650/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:37215/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:2917336/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:1813992/68‑1 (MQ=255) cATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCAGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:2599749/68‑1 (MQ=255) gggTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:1663811/65‑1 (MQ=255) ggTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGaa > 1:822466/1‑69 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:2671837/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:2670227/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:751790/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:973603/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:3135868/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:486414/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:2059906/1‑68 (MQ=255) aGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGc > 1:1725121/1‑68 (MQ=255) aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:1111360/69‑1 (MQ=255) aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2824295/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:437201/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:3053585/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:2059031/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1768181/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:700254/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:2187824/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1017639/69‑1 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:624490/1‑69 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:1212179/1‑69 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:2969060/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1478589/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1550514/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2428159/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:3280737/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1461227/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:142652/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:545659/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:641414/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1105405/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:880155/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:92005/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2461742/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2674647/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1850724/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2169612/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:2188683/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:3013354/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:56316/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCAtt > 1:1028113/1‑68 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2372010/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2625111/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2750619/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1577264/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2854327/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1445043/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:347573/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:3203085/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTCTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:478230/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGAGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1147235/1‑69 (MQ=255) atcaatcaGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGcc < 1:1264508/37‑1 (MQ=38) tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:2992150/67‑1 (MQ=255) tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:2699194/67‑1 (MQ=255) tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:309528/67‑1 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2848117/69‑1 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1043304/69‑1 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1176414/69‑1 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1638731/69‑1 (MQ=255) | GCGTTTCGTCATGGGTCGCCAGCACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCA > minE/2612121‑2612251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |