| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,612,212 | T→C | 30.8% | S437S (TCA→TCG) | nikA ← | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,612,212 | 0 | T | C | 30.8% | 69.1 / 39.3 | 81 | S437S (TCA→TCG) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/32); new base C (19/6); total (43/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
ACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAT > minE/2612144‑2612280 | aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:1111360/69‑1 (MQ=255)aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2860625/69‑1 (MQ=255)aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2824295/69‑1 (MQ=255)aCTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCgtgt < 1:2622900/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:766930/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1768181/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:700254/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:593548/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:2059031/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:2187824/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1017639/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:1327595/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:437201/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:2960819/69‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGAc < 1:3053585/69‑1 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:1212179/1‑69 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:2430905/1‑69 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:2969060/1‑69 (MQ=255) ctctTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg > 1:624490/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2674647/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2169612/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2461742/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:2428159/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:545659/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:3037225/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:1850724/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:641414/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:3280737/1‑69 (MQ=255) tctTTATCAATCAGCGGCTTGTCGGCTAAACCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGCGACGGTACgcgc > 1:880155/1‑69 (MQ=255) 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tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:2188683/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:56316/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:1055154/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTAcgcg < 1:3013354/64‑1 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCAtt > 1:1028113/1‑68 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:347573/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:3408576/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:3203085/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1181226/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:111457/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2854327/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2774180/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2750619/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1577264/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1511714/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:202841/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1445043/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2372010/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:2625111/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTCTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:478230/1‑69 (MQ=255) tATCAATCAGAGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg > 1:1147235/1‑69 (MQ=255) tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:2992150/67‑1 (MQ=255) tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:309528/67‑1 (MQ=255) tcaatcaGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTg < 1:2699194/67‑1 (MQ=255) tAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGAt > 1:1441480/1‑68 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1638731/69‑1 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2848117/69‑1 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2844236/69‑1 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1043304/69‑1 (MQ=255) aaTCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1176414/69‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:532609/62‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2491852/62‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:3134152/62‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:276199/62‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:2409448/62‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1301039/62‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:3368080/62‑1 (MQ=255) gCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCa < 1:1985741/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:3174595/69‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:2757706/69‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:2555460/69‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:1077630/69‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:747601/69‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTGCGACGGTACGCGCATTGAACTCAGGAAGGCGTGTGGATCGTATGGCGCGCCCCAGGTGc < 1:1597359/69‑1 (MQ=255) aGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGt > 1:2014715/1‑68 (MQ=255) aGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGt > 1:1847186/1‑68 (MQ=255) tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:1343804/69‑1 (MQ=255) tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:824692/69‑1 (MQ=255) tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:2252286/69‑1 (MQ=255) tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:2347093/69‑1 (MQ=255) tgACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAt < 1:98431/69‑1 (MQ=255) | ACTTCGCCGATCTCTTTATCAATCAGCGGTTTGTCGGCTAATCCTTGCTGTGCCTGGAAGTCAGCGTGTGACGGTACGCGCATTGAACTGAGGAAGGCGTGTGGATCATATGGCGCGCCCCAGGTGCGGTGGAAAAT > minE/2612144‑2612280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |