| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,612,752 | A→G | 58.4% | N257N (AAT→AAC) | nikA ← | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,612,752 | 0 | A | G | 58.4% | 38.2 / 69.3 | 96 | N257N (AAT→AAC) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/30); new base G (19/37); total (29/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
TATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGAT > minE/2612694‑2612817 | tATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa < 1:213065/69‑1 (MQ=255)tATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa < 1:956414/69‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAg > 1:1182166/1‑69 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGc > 1:2239095/1‑68 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:2976949/1‑69 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:1470248/1‑69 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:1445227/1‑69 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:2732129/1‑69 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:2736197/1‑69 (MQ=255) cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2192878/69‑1 (MQ=255) cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:1701180/69‑1 (MQ=255) cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:309670/69‑1 (MQ=255) cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2380933/69‑1 (MQ=255) cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:596635/69‑1 (MQ=255) cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2494381/69‑1 (MQ=255) cAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2724266/69‑1 (MQ=255) cAGCATCACGGTTTCGATCGACTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2985562/69‑1 (MQ=255) aGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:1097412/68‑1 (MQ=255) gCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAgg < 1:1361483/69‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg > 1:1555326/1‑69 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:212251/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:639605/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:540708/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:201786/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:211723/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:2919102/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1567529/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:26792/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1453911/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:143783/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1409952/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:880783/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:272709/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1376367/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:136238/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1268202/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1031463/48‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1044221/48‑1 (MQ=255) cGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:3032881/47‑1 (MQ=255) cGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1360511/47‑1 (MQ=255) aTCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTgg < 1:1953418/39‑1 (MQ=38) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:571286/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2746329/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:1084807/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:1110846/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:1381453/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2762054/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:695174/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:161156/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2496129/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:1743678/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:3011788/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:19128/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:197009/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:3220031/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2171863/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaat < 1:2150262/68‑1 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:355158/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:97439/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:665877/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:505601/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:857789/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:487498/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:3347979/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:1246634/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:2616254/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:1984307/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:1318010/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:2695286/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCCAGCGGTAATAAc > 1:842654/1‑69 (MQ=255) ggCTGTGACAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCCGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAAc > 1:211917/1‑69 (MQ=255) aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCg > 1:188409/1‑41 (MQ=38) aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGt > 1:139965/1‑69 (MQ=255) aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGt > 1:1732444/1‑69 (MQ=255) aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGt > 1:2145737/1‑69 (MQ=255) aCAGTTGAGTGTGGTAAGCCGGGTTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGt > 1:3334425/1‑69 (MQ=255) tGGGTGTGGTAAGCCTGATTCTGGCTAAAGCGGGCGaa < 1:2297188/38‑1 (MQ=255) gtgtGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:1533609/48‑1 (MQ=255) tgGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTAcagc > 1:2445159/1‑69 (MQ=255) tgGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTAcagc > 1:1815231/1‑69 (MQ=255) ccGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGa < 1:3116215/69‑1 (MQ=255) ccGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGa < 1:2454193/69‑1 (MQ=255) ccGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGa < 1:2986889/69‑1 (MQ=255) ccGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGa < 1:2466188/69‑1 (MQ=255) ccGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGa < 1:1570623/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:446715/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:870245/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:1474255/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:689794/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:2060587/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:2100082/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:3408432/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:3389667/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:2300426/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:2667020/69‑1 (MQ=255) cGGATTCTGGCTAAAGCGGCCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGat < 1:3405223/69‑1 (MQ=255) | TATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAACCCTTCGTTTCCGTACAGCAGGTCGAT > minE/2612694‑2612817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |