Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 2,623,815 C→T 76.0% G290G (GGC→GGT ftsY → fused Signal Recognition Particle (SRP) receptor

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,623,8150CT76.0% 133.3 / 37.4 108G290G (GGC→GGTftsYfused Signal Recognition Particle (SRP) receptor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (18/8);  new base T (57/25);  total (75/33)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01

Only 100 of 108 total aligned reads displayed.

TGGCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTAAA  >  minE/2623749‑2623863
                                                                  |                                                
tGGCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCaa                                                >  1:1877176/1‑69 (MQ=255)
tGGCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCaa                                                >  1:1595974/1‑69 (MQ=255)
tGGCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCaa                                                >  1:711471/1‑69 (MQ=255)
tGGCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCaa                                                >  1:112907/1‑69 (MQ=255)
tGGCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCaa                                                >  1:1518723/1‑69 (MQ=255)
tGGCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCa                                                 >  1:2336709/1‑68 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:650121/67‑1 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:2925518/67‑1 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:1444930/67‑1 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:3088322/67‑1 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:1507915/67‑1 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:2323986/67‑1 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:1175466/67‑1 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:619489/67‑1 (MQ=255)
  gCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:2002893/67‑1 (MQ=255)
   ccTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:840881/66‑1 (MQ=255)
             gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg                                   <  1:1767111/69‑1 (MQ=255)
             gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg                                   <  1:466257/69‑1 (MQ=255)
             gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg                                   <  1:1396391/69‑1 (MQ=255)
             gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg                                   <  1:1062365/69‑1 (MQ=255)
             gaagaGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg                                   <  1:455365/69‑1 (MQ=255)
                        cGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTaa                                                <  1:2425283/45‑1 (MQ=255)
                            aTTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGc                    >  1:2899491/1‑69 (MQ=255)
                            aTTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGc                    >  1:1134773/1‑69 (MQ=255)
                            aTTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGc                    >  1:300393/1‑69 (MQ=255)
                            aTTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGc                    >  1:417725/1‑69 (MQ=255)
                               cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGa                            >  1:2780228/1‑58 (MQ=255)
                               cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt                           >  1:2223566/1‑59 (MQ=255)
                               cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt                           >  1:2888793/1‑59 (MQ=255)
                               cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt                           >  1:1699980/1‑59 (MQ=255)
                               cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt                           >  1:1989250/1‑59 (MQ=255)
                               cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt                           >  1:3274581/1‑59 (MQ=255)
                               cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt                           >  1:3323375/1‑59 (MQ=255)
                               cTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGAt                           >  1:841479/1‑59 (MQ=255)
                                    gAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCTAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACgg            <  1:1472494/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:2513827/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:24681/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:759380/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:823000/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:1655667/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:1624306/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:3118444/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:1218835/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:941235/69‑1 (MQ=255)
                                      aaGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtg          <  1:1090585/69‑1 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:2935535/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:2779196/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:2609971/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:395744/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:2557869/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:406128/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:447440/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:2059500/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:1003768/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:1521791/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:1753685/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:1802290/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:838216/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATACTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:1084573/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGATGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:2801075/1‑69 (MQ=255)
                                       aGTCGATGAGCCGATGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGgtgt         >  1:2805039/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTggg      >  1:1337889/1‑68 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:1214907/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:1300511/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:459320/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:977671/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:1036214/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:464706/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:3040901/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:1631728/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:1586646/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:2397714/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:1875270/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:2858491/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:540032/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:194273/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:2295042/1‑69 (MQ=255)
                                           gATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:723545/1‑69 (MQ=255)
                                             tGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTtgtg                                   <  1:2688141/37‑1 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGAtggt                        >  1:2070419/1‑47 (MQ=37)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGGGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:1408866/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGt     >  1:1015085/1‑66 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:2390347/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:1124284/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:1172368/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:90667/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:1287321/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:1405426/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:1451627/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:1725196/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:1878826/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:420462/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:2446716/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:261014/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:2815167/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:499929/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:2988945/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:3057760/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaaa  >  1:31814/1‑69 (MQ=255)
                                              gAGCCGCTGAATGTTGAAGGTAAAACGCCGTTCGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTaa   >  1:2514914/1‑68 (MQ=255)
                                                                  |                                                
TGGCCTGCTGAAAGAAGAGATGGGCGAGATTCTGGCGAAAGTCGATGAGCCGCTGAATGTTGAAGGCAAAGCGCCGTTTGTGATCCTGATGGTGGGCGTCAACGGTGTGGGTAAA  >  minE/2623749‑2623863

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: