| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,631,652 | T→C | 38.8% | I289I (ATT→ATC) | livH → | leucine/isoleucine/valine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,631,652 | 0 | T | C | 38.8% | 32.9 / 46.6 | 72 | I289I (ATT→ATC) | livH | leucine/isoleucine/valine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/9); new base C (8/20); total (43/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGAAACCGATG > minE/2631591‑2631720 | cgcTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGtgc > 1:2022976/1‑69 (MQ=255)cgcTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGtgc > 1:2026764/1‑69 (MQ=255)cgcTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGtgc > 1:2579456/1‑69 (MQ=255)cgcTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGtgc > 1:3359193/1‑69 (MQ=255)cgcTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGtgc > 1:1720776/1‑69 (MQ=255)cgcTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGtgc > 1:1211003/1‑69 (MQ=255)cgcTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGtgc > 1:1005115/1‑69 (MQ=255)cgcTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGtgc > 1:1309452/1‑69 (MQ=255) ctGCCTATCTGAGTACGTAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt < 1:1347809/67‑1 (MQ=255) ctGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt < 1:413454/67‑1 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATTTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt < 1:43339/58‑1 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCTTTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:1883012/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:1754836/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt < 1:278261/58‑1 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:1945666/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:1942922/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:1163727/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:1863349/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:2279457/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:1728902/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt < 1:244233/58‑1 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:554652/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:2471415/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:3279273/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:1500948/1‑58 (MQ=255) tGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGATGATTCTGGTGCTGCTGGt > 1:510786/1‑58 (MQ=255) aaTATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGt < 1:177139/49‑1 (MQ=255) gATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGTTGCTGCTGGt < 1:3174640/41‑1 (MQ=255) ggTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGa > 1:946611/1‑66 (MQ=255) ggTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGa > 1:438953/1‑66 (MQ=255) ggTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGa > 1:1700823/1‑66 (MQ=255) ggTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTAGCCCGGa > 1:3017296/1‑66 (MQ=255) cATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTaga > 1:2552823/1‑67 (MQ=255) cATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTaga > 1:1216067/1‑67 (MQ=255) cATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTaga > 1:2369891/1‑67 (MQ=255) tCGCCCTGCTGATTCTGGTGCGGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:911035/69‑1 (MQ=255) cGCCCTGCTGTTCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGATAg < 1:2000737/68‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCTGTATTCTTGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:3193973/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGa > 1:681072/1‑54 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:388191/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:3405794/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:3197942/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:3142578/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:3045821/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:2551115/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:3302450/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:2597428/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:16497/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:1657486/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:1576090/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:1215752/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:2058588/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:1142810/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:2743776/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:2758471/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:276445/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAg < 1:2854312/65‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTAt > 1:3231612/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTAt > 1:561326/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTAt > 1:3109777/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTAt > 1:1169150/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTAt > 1:1828515/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTAt > 1:2841685/1‑68 (MQ=255) ccTGCTGATCCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTAt > 1:2906975/1‑68 (MQ=255) ctgATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGaaa > 1:1064392/1‑68 (MQ=255) ctgATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGaaa > 1:3344492/1‑68 (MQ=255) ctgATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGaaa > 1:2472874/1‑68 (MQ=255) ctgATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGaaa > 1:3044086/1‑68 (MQ=255) ctgATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGaa > 1:1723444/1‑67 (MQ=255) gATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGAAAcc < 1:1102710/68‑1 (MQ=255) gATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGAAACCg > 1:2612591/1‑69 (MQ=255) gATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGAAACCg > 1:836794/1‑69 (MQ=255) tCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGAAACCGATg > 1:190044/1‑69 (MQ=255) | CGCTCTCTTCTGCCTATCTGAGTACGGAATATAAAGATGTGGTCTCATTCGCCCTGCTGATTCTGGTGCTGCTGGTGATGCCGACCGGTATTCTGGGTCGCCCGGAGGTAGAGAAAGTATGAAACCGATG > minE/2631591‑2631720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |