| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,636,865 | T→G | 45.2% | G196G (GGT→GGG) | ugpA → | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,636,865 | 0 | T | G | 45.2% | ‑2.4 / 56.7 | 51 | G196G (GGT→GGG) | ugpA | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/22); new base G (7/16); total (13/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
CCGCGCTGCAATCCATTCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATCGACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTC > minE/2636813‑2636928 | ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:1031471/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:2663534/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:2469017/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:2667600/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:300629/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:1383570/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:1387840/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:483398/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:3366540/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:3080323/66‑1 (MQ=255)ccGCGCTGCAATCCATCCCCCGTGCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:2004674/66‑1 (MQ=255) cgcgCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCGGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:1071791/65‑1 (MQ=255) cgcgCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:1770924/65‑1 (MQ=255) cgcgCTGCAATCCATCCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:2682205/65‑1 (MQ=255) gCAATCCATTCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATCGACTGTGCAGGGCCGATTCGCCGcttct < 1:1161939/68‑1 (MQ=255) atccatccCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCAGATTc < 1:2918188/56‑1 (MQ=255) cGAAGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTc < 1:202259/35‑1 (MQ=25) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:493147/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:545134/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:2751717/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:68693/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:698173/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:259481/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:1118285/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:1238964/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:1262664/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:1516548/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:2327126/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:1552493/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:2103652/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:1966547/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGCCGCtgc < 1:1888823/63‑3 (MQ=255) aaGCCTCAGCAATGGATGGTGCAGGTCCATTCCAGAACTTCTTTAAGATTACGCTGACGCtgc < 1:4354/63‑3 (MQ=255) aGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCTGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGctc > 1:3248129/1‑66 (MQ=255) aGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTCGGCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGctc > 1:1920997/1‑66 (MQ=255) aGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGctc > 1:258059/1‑66 (MQ=255) aGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGctc > 1:3288815/1‑66 (MQ=255) aGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGctc > 1:2410805/1‑66 (MQ=255) aGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGctc > 1:2470867/1‑66 (MQ=255) aGCCGCAGCCATTGATGGGGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGctc > 1:248320/1‑66 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttcttc > 1:2898814/1‑69 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttcttc > 1:842307/1‑69 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct > 1:3258402/1‑67 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct > 1:2848740/1‑67 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct < 1:2733979/67‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct < 1:3425775/67‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct > 1:2492884/1‑67 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct < 1:1088811/67‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct < 1:847265/67‑1 (MQ=255) gACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct > 1:97823/1‑67 (MQ=255) aCGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTttct < 1:2693042/66‑1 (MQ=255) | CCGCGCTGCAATCCATTCCCCGTTCGTTGATCGAAGCCGCAGCCATCGACGGTGCAGGGCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTC > minE/2636813‑2636928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |