| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,636,937 | A→G | 60.8% | V220V (GTA→GTG) | ugpA → | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,636,937 | 0 | A | G | 60.8% | 25.3 / 35.0 | 56 | V220V (GTA→GTG) | ugpA | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/9); new base G (11/23); total (24/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
GCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGACGCCGCCAC > minE/2636871‑2636990 | gCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAg > 1:2777344/1‑68 (MQ=255) cGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:1202846/69‑1 (MQ=255) cGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:819509/69‑1 (MQ=255) cGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:2785302/69‑1 (MQ=255) cGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:621333/69‑1 (MQ=255) gATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGa < 1:1851902/68‑1 (MQ=255) ttCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCATATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAAcc > 1:3337136/1‑69 (MQ=255) cgcTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGTTAGTGAACCTGgtg < 1:3279793/69‑1 (MQ=255) cgcTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgtg < 1:1523437/69‑1 (MQ=255) cgcTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgtg < 1:3173838/69‑1 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTGCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:956025/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:3262661/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:632537/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:659671/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:846250/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:1966160/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:119774/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:1850822/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:1422446/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:1617542/1‑68 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1775550/1‑55 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1146259/1‑55 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:716784/1‑55 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1594800/1‑55 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1638444/1‑55 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:1638456/1‑55 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:2997213/1‑55 (MQ=255) ttGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGgt > 1:2036211/1‑55 (MQ=255) ttGCGCTGACGCTTATCGCTCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCttcttc > 1:3266243/1‑68 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2115586/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1804703/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1223381/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:134230/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:792718/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1728227/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1564825/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:630915/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2069899/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:3435437/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:3282588/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:244685/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:3276007/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1677616/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2250291/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:285453/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:285121/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1689918/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:1717576/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:259612/66‑1 (MQ=255) gctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2588340/66‑1 (MQ=255) ctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:3252891/66‑1 (MQ=255) ctccGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTGGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATc < 1:2773552/66‑1 (MQ=255) gAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGAcgccgc > 1:2182281/1‑69 (MQ=255) gAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGAcgccgc > 1:2080505/1‑69 (MQ=255) tttCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGACGCCGCCAc > 1:552417/1‑69 (MQ=255) gctgGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACAcc < 1:515481/37‑1 (MQ=255) | GCCGATTCGCCGCTTCTTTAAGATTGCGCTGCCGCTTATCGCCCCGGTGAGTTTCTTCCTGCTGGTAGTGAACCTGGTGTATGCCTTCTTCGACACCTTCCCGGTGATCGACGCCGCCAC > minE/2636871‑2636990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |