| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,638,599 | A→G | 18.3% | E197E (GAA→GAG) | ugpC → | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,638,599 | 0 | A | G | 18.3% | 97.3 / 13.1 | 65 | E197E (GAA→GAG) | ugpC | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/19); new base G (5/7); total (39/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
ACTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGATTGGCACAC > minE/2638536‑2638663 | aCTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGc < 1:82468/66‑1 (MQ=255)aCTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGc < 1:2392713/66‑1 (MQ=255)aCTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGc < 1:1174731/66‑1 (MQ=255)aCTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGc < 1:2514887/66‑1 (MQ=255)aCTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGc < 1:494853/66‑1 (MQ=255)aCTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGc < 1:185517/66‑1 (MQ=255) cTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGc < 1:2154114/65‑1 (MQ=255) tGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGa < 1:1106368/69‑1 (MQ=255) gCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGa > 1:3309590/1‑68 (MQ=255) gCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGAc > 1:1050882/1‑69 (MQ=255) gCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGAc > 1:2059963/1‑69 (MQ=255) gCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGAc > 1:196484/1‑69 (MQ=255) gCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGAc > 1:1928176/1‑69 (MQ=255) gCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGAc > 1:3119377/1‑69 (MQ=255) gCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGAc > 1:1822398/1‑69 (MQ=255) gCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGAc > 1:1159979/1‑69 (MQ=255) aCCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCa > 1:2530752/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCa > 1:3423814/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCa > 1:497947/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCa > 1:2784006/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCa > 1:2699980/1‑67 (MQ=255) tCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGt < 1:2843260/69‑1 (MQ=255) cGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGt < 1:129334/68‑1 (MQ=255) cGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTa < 1:3257257/69‑1 (MQ=255) cGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTa < 1:232284/69‑1 (MQ=255) gAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGt < 1:2505425/69‑1 (MQ=255) gAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGt < 1:171276/69‑1 (MQ=255) gAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGt < 1:339898/69‑1 (MQ=255) gAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGt < 1:1187135/69‑1 (MQ=255) aCGACTTCACTCTACGTTACCCACGATCAGGTTGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGtgatg > 1:3191883/1‑69 (MQ=255) aCGACTTCACTCTACGTTACCCACGATCAGGTTGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGtgatg > 1:733825/1‑69 (MQ=255) aCGACTTCACTCTACGTTACCCACGATCAGGTTGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGtgatg > 1:1067136/1‑69 (MQ=255) aCGACTTCACTCTACGTTACCCACGATCAGGTTGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGtgatg > 1:1230962/1‑69 (MQ=255) aCGACTTCACTCTACGTTACCCACGATCAGGTTGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGtgatg > 1:1138080/1‑69 (MQ=255) cACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAAcggcg > 1:822905/1‑69 (MQ=255) cACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAAcggcg > 1:1630638/1‑69 (MQ=255) cACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAAcggcg > 1:3113719/1‑69 (MQ=255) cACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAAcggcg > 1:521600/1‑69 (MQ=255) cACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAAcggcg > 1:551708/1‑69 (MQ=255) cACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAAcggcg > 1:2083772/1‑69 (MQ=255) cACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAAcggcg > 1:673299/1‑69 (MQ=255) tctACGTTGATTATGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGgtg > 1:1976228/1‑69 (MQ=255) tctACGTTGATTATGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGgtg > 1:2813965/1‑69 (MQ=255) tctACGTTGATTATGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGgtg > 1:192364/1‑69 (MQ=255) tctACGTTGATTATGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGgtg > 1:18516/1‑69 (MQ=255) tctACGTTGATTATGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGgtg > 1:2242601/1‑69 (MQ=255) tctACGTTGATTATGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGgtg > 1:1758835/1‑69 (MQ=255) tctACGTTGATTATGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGgtg > 1:1626566/1‑69 (MQ=255) tACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGtt > 1:236192/1‑69 (MQ=255) cACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAg < 1:1108475/69‑1 (MQ=255) cACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAg < 1:2594508/69‑1 (MQ=255) aCGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCATCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGa > 1:1759820/1‑69 (MQ=255) aCGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGa > 1:2503063/1‑69 (MQ=255) aCGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGa > 1:16616/1‑69 (MQ=255) aCGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGa > 1:293895/1‑69 (MQ=255) aCGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGa > 1:274199/1‑69 (MQ=255) aCGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGa > 1:781448/1‑69 (MQ=255) tCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGATTgg < 1:920559/69‑1 (MQ=255) ttGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGCGTCGCCGAACAGATTGGcactc < 1:95957/69‑3 (MQ=255) ttGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGCGTCGCCGAACAGATTGGcacgc < 1:3362579/69‑3 (MQ=255) ttGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGCGTCGCCGAACAGATTGGcacgc < 1:1137777/69‑3 (MQ=255) ttGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGCGTCGCCGAACAGATTGGcacgc < 1:494385/69‑3 (MQ=255) ttGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGCGTCGCCGAACAGATTGGcacgc < 1:49177/69‑3 (MQ=255) ttGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGCGTCGCCGAACAGATTGGcacgc < 1:3004409/69‑3 (MQ=255) tGAGGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGCGTCGCCGAACAGATTGGcacgc < 1:973775/68‑3 (MQ=255) | ACTGCAACAGTTGCACCGTCGCCTGAAAACGACTTCACTCTACGTTACTCACGATCAGGTTGAAGCGATGACGCTCGCCCAGCGAGTAATGGTGATGAACGGCGGTGTTGCCGAACAGATTGGCACAC > minE/2638536‑2638663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |