| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,640,057 | A→G | 18.3% | L64L (TTG→CTG) | yhhA ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,640,057 | 0 | A | G | 18.3% | 141.6 / 19.3 | 92 | L64L (TTG→CTG) | yhhA | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/32); new base G (14/3); total (57/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTGACTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCT > minE/2639996‑2640122 | tgtgACTGCAACACCCGCTGATAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTTCAACTGAGtt < 1:616545/69‑1 (MQ=255)tgtgACTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGtt < 1:2277086/69‑1 (MQ=255)tgtgACTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGtt < 1:2913538/69‑1 (MQ=255)tgtgACTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGtt < 1:414527/69‑1 (MQ=255)tgtgACTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGtt < 1:3407332/69‑1 (MQ=255) aCTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGc > 1:2341052/1‑68 (MQ=255) aCTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCg < 1:997710/69‑1 (MQ=255) aCTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCg < 1:1923498/69‑1 (MQ=255) aCTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCg < 1:2025731/69‑1 (MQ=255) aCTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCg < 1:2347737/69‑1 (MQ=255) aCTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCg > 1:2990740/1‑69 (MQ=255) aCTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCg > 1:3177928/1‑69 (MQ=255) aCTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCg > 1:821549/1‑69 (MQ=255) tcacCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCa < 1:154851/68‑1 (MQ=255) acacCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCa < 1:674034/69‑1 (MQ=255) acacCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCa < 1:1292109/69‑1 (MQ=255) acacCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCa < 1:2281611/69‑1 (MQ=255) acacCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCa < 1:1874286/69‑1 (MQ=255) acacCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCa < 1:1896736/69‑1 (MQ=255) cccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:776562/1‑69 (MQ=255) cccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:780897/1‑69 (MQ=255) cccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:225086/1‑69 (MQ=255) cccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:2100201/1‑69 (MQ=255) cccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:872854/1‑69 (MQ=255) cccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:2501836/1‑69 (MQ=255) cccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:1853255/1‑69 (MQ=255) cccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:142002/1‑69 (MQ=255) ccGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTg < 1:3066723/69‑1 (MQ=255) gCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCt < 1:3187889/69‑1 (MQ=255) gCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCt < 1:230554/69‑1 (MQ=255) tGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa < 1:1301557/69‑1 (MQ=255) gagaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:2840125/1‑68 (MQ=255) gagaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:946784/1‑68 (MQ=255) gagaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:2682747/1‑68 (MQ=255) gagaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:903915/1‑68 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGttt > 1:152923/1‑50 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGtt < 1:946185/49‑1 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGtt > 1:3308374/1‑62 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:1378143/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:2813901/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:714005/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:3154444/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:2475808/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:1538053/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:1196436/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:1756686/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa > 1:2142676/1‑67 (MQ=255) agaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTAAGTTGCTGa > 1:2977037/1‑67 (MQ=255) gaATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGa < 1:3071873/66‑1 (MQ=255) ttattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAg > 1:353234/1‑68 (MQ=255) ttattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGc > 1:1266801/1‑69 (MQ=255) ttattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGc > 1:318585/1‑69 (MQ=255) ttattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGc > 1:1803597/1‑69 (MQ=255) ttattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGc > 1:1343264/1‑69 (MQ=255) ttattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGc > 1:2041929/1‑69 (MQ=255) ttattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGc > 1:3347284/1‑69 (MQ=255) ttattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTCAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTAAg > 1:1992683/1‑68 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTgcgtttgcgttt > 1:3192590/1‑51 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:821297/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:476792/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:1175977/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:83553/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:862685/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:93087/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:1811520/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:2032278/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:226858/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:1108717/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:2580868/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:2823806/1‑53 (MQ=255) tattGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTc > 1:2818981/1‑53 (MQ=255) tGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATc < 1:2420858/68‑1 (MQ=255) tGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATc < 1:1317889/68‑1 (MQ=255) tGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATc < 1:1350486/68‑1 (MQ=255) tGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATc < 1:681325/68‑1 (MQ=255) tATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCttt > 1:2598244/1‑69 (MQ=255) tATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCttt > 1:896986/1‑69 (MQ=255) tATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCttt > 1:3246006/1‑69 (MQ=255) tATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCttt > 1:2979586/1‑69 (MQ=255) tttCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGa > 1:1900261/1‑69 (MQ=255) cTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATc < 1:2188715/53‑1 (MQ=255) tgctgcTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGGTTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGc < 1:521582/66‑1 (MQ=255) tgctgcTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGGTTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGc < 1:1594621/66‑1 (MQ=255) tgctgcTGTTGCAGCTGCGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGGTTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGc < 1:1371225/66‑1 (MQ=255) tctgTTGCTACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTc < 1:429275/67‑1 (MQ=255) gctgTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTc < 1:522189/68‑1 (MQ=255) gctgTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTc < 1:2236033/68‑1 (MQ=255) gctgTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTc < 1:2121085/68‑1 (MQ=255) gTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGc < 1:2403116/68‑1 (MQ=255) gTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCa < 1:149394/69‑1 (MQ=255) gCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCt > 1:1365176/1‑69 (MQ=255) gCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCt > 1:157426/1‑69 (MQ=255) | TGTGACTGCAACACCCGCTGAGAATTATTGTTTATCTGGTTTTCTAAATGCTGCTGTTGCAACTGAGTTTGCGTTTTCAGTTGCTGATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCT > minE/2639996‑2640122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |