| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,640,148 | T→G | 24.3% | I33I (ATA→ATC) | yhhA ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,640,148 | 0 | T | G | 24.3% | 99.7 / 37.1 | 74 | I33I (ATA→ATC) | yhhA | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/38); new base G (2/16); total (20/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
GATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGC > minE/2640081‑2640214 | gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGTCTGGGTa < 1:2587048/69‑1 (MQ=255)gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTa < 1:1957502/69‑1 (MQ=255)gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTa < 1:554418/69‑1 (MQ=255)gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTa < 1:2845343/69‑1 (MQ=255)gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTa < 1:304885/69‑1 (MQ=255)gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTa < 1:3398275/69‑1 (MQ=255)gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTa < 1:3218226/69‑1 (MQ=255)gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTa < 1:3135859/69‑1 (MQ=255)gATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGGCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTa < 1:526671/69‑1 (MQ=255) cAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCt > 1:611344/1‑68 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:1569732/68‑1 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:3191934/68‑1 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:3112868/68‑1 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:391274/68‑1 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:2934609/68‑1 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:421790/68‑1 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:2836901/68‑1 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:577602/68‑1 (MQ=255) gCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:2209446/68‑1 (MQ=255) cATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGa < 1:996541/67‑1 (MQ=255) aTCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGCGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATat > 1:469069/1‑68 (MQ=255) aTCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGCGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATat > 1:3111371/1‑68 (MQ=255) ccTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATAcccc > 1:1925114/1‑69 (MQ=255) ccTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATAccc > 1:1873471/1‑68 (MQ=255) tGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGtt < 1:3236871/68‑1 (MQ=255) tGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGtt < 1:2673144/68‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:3016842/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:1376178/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:351757/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:628501/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:1567492/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:1957197/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:632429/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:1784800/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:2852326/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:774175/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:2078355/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:966463/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:901125/69‑1 (MQ=255) tgctgcGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:221533/69‑1 (MQ=255) gCTGCGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:2982622/68‑1 (MQ=255) gCTGCGTCTGCATTTGAGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGGATCTGATATCCCGGCTGGTTAGGgttg < 1:356663/68‑1 (MQ=255) tCTTCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCag < 1:2043049/67‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCagag < 1:843725/69‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCagag < 1:269696/69‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCagag < 1:1914880/69‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCagag < 1:1135163/69‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCagag < 1:1981044/69‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCagag < 1:722093/69‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCagag < 1:3241512/69‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCagag < 1:323306/69‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCag < 1:2748269/67‑1 (MQ=255) tCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCag < 1:2265280/67‑1 (MQ=255) tGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGt > 1:3080108/1‑68 (MQ=255) tCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTAtt < 1:1481221/67‑1 (MQ=255) tCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTa < 1:1675965/68‑1 (MQ=255) tCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTa < 1:674818/68‑1 (MQ=255) tCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTa < 1:872650/68‑1 (MQ=255) tGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATa > 1:1627916/1‑35 (MQ=255) tGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATg > 1:2350791/1‑69 (MQ=255) tGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATg > 1:1117413/1‑69 (MQ=255) tGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATg > 1:1132880/1‑69 (MQ=255) tttGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTAtt > 1:3177118/1‑61 (MQ=255) tttGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTAtt > 1:1032947/1‑61 (MQ=255) tttGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTAtt > 1:170270/1‑61 (MQ=255) tttGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTAtt > 1:1939485/1‑61 (MQ=255) tttGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTAtt > 1:2282702/1‑61 (MQ=255) tCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGtt < 1:3021564/37‑1 (MQ=255) cGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTa > 1:126903/1‑51 (MQ=255) cGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTa > 1:3155383/1‑51 (MQ=255) cGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTa > 1:745468/1‑51 (MQ=255) cGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTa > 1:2475341/1‑51 (MQ=255) gctggGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTAtt < 1:464799/45‑1 (MQ=255) gctggGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTAtt > 1:1194149/1‑45 (MQ=255) tATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGc > 1:373010/1‑67 (MQ=255) tATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGc > 1:1473560/1‑67 (MQ=255) tATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGc > 1:3271737/1‑67 (MQ=255) tATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGc > 1:1843123/1‑67 (MQ=255) tATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGc > 1:2825877/1‑67 (MQ=255) tATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGc > 1:2196687/1‑67 (MQ=255) tATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGc > 1:454037/1‑67 (MQ=255) | GATTCAGCATCCCTTTTTGCTGGATTTGCTGAGTCTGCATCTGGGTTTGCATCCGCTGCTGGCTGGGTATCTGATACCCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGC > minE/2640081‑2640214 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |