Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 2,642,048 C→T 64.0% D561D (GAC→GAT ggt → gamma‑glutamyltranspeptidase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,642,0480CT64.0% 34.3 / 35.3 61D561D (GAC→GATggtgamma‑glutamyltranspeptidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (13/9);  new base T (29/10);  total (42/19)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01

AAGGTCAGAAAGTGGCGCTGAAAGAGGCGATGGGCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACGGCGGGG  >  minE/2641984‑2642102
                                                                |                                                      
aaGGTCAGAAAGTGGCGCTGAAAGAGGCGATGGGCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTg                                                    <  1:1414058/69‑1 (MQ=255)
aaGGTCAGAAAGTGGCGCTGAAAGAGGCGATGGGCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTg                                                    <  1:3360148/69‑1 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGTGTCGGATGGTGa                                                   >  1:1942167/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:316081/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:936181/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:1259824/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:281193/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:1338811/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:3235241/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:1439919/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:2072458/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:376881/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:1646940/1‑69 (MQ=255)
 aGGTCAGAAAGTGGCGCTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGa                                                   >  1:1808599/1‑69 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:2920714/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:240136/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:2913809/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:2905366/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:2734872/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:2534023/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:3103206/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:639045/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:680447/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:827306/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:845707/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:938635/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:970480/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:1923160/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:1298445/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:1367870/1‑55 (MQ=255)
                gcTGAATGAGGCGATGGGCAGCACGCAAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAg                                                  >  1:2070673/1‑55 (MQ=255)
                                ggCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTg                    >  1:2519690/1‑69 (MQ=255)
                                ggCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTg                    >  1:1191284/1‑69 (MQ=255)
                                ggCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTg                    >  1:2863551/1‑69 (MQ=255)
                                ggCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTg                    >  1:1283925/1‑69 (MQ=255)
                                ggCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTg                    >  1:2023896/1‑69 (MQ=255)
                                     tACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGgatga               >  1:616323/1‑69 (MQ=255)
                                       cgcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGATGAttt            <  1:2763443/67‑1 (MQ=255)
                                        gcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:589609/68‑1 (MQ=255)
                                        gcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:1478029/68‑1 (MQ=255)
                                        gcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:1968420/68‑1 (MQ=255)
                                        gcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:725240/68‑1 (MQ=255)
                                        gcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:2856636/68‑1 (MQ=255)
                                        gcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:1024403/68‑1 (MQ=255)
                                        gcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:2390944/68‑1 (MQ=255)
                                        gcaAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTAAGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:369707/68‑1 (MQ=255)
                                         caAAGCATTATGGTTGGGTCGGATGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACTCGCGCTTGGTGGATGAttt            <  1:1248063/68‑1 (MQ=255)
                                         caAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGAttt            <  1:3342268/68‑1 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGGATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACggggggt  >  1:2174843/1‑68 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGAttt            <  1:1444547/59‑1 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGAttt            <  1:1084877/59‑1 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGAttt            <  1:3145200/59‑1 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGAttt            <  1:3143956/59‑1 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGAttt            <  1:2880348/59‑1 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGAttt            <  1:2430339/59‑1 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACGGCgggg  >  1:1708927/1‑69 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACGGCgggg  >  1:663346/1‑69 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACGGCgggg  >  1:3041266/1‑69 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACGGCgggg  >  1:2194005/1‑69 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACGGCgggg  >  1:2301417/1‑69 (MQ=255)
                                                  aTGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACGGCgggg  >  1:2366551/1‑69 (MQ=255)
                                                                |                                                      
AAGGTCAGAAAGTGGCGCTGAAAGAGGCGATGGGCAGTACACAAAGCATTATGGTTGGGCCGGACGGTGAGTTGTACGGCGCATCCGACCCGCGCTCGGTGGATGATTTAACGGCGGGG  >  minE/2641984‑2642102

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: