| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 226,492 | G→A | 45.4% | T196T (ACG→ACA) | frsA → | hydrolase, binds to enzyme IIA(Glc) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 226,492 | 0 | G | A | 45.4% | 13.6 / 60.8 | 77 | T196T (ACG→ACA) | frsA | hydrolase, binds to enzyme IIA(Glc) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/19); new base A (31/4); total (54/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
CCCGGCGGTGCGCCCATCACCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGT > minE/226430‑226544 | cccGGCGGTGCGCCCATCACCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACAGTATTa < 1:1645119/69‑1 (MQ=255)cccGGCGGTGCGCCCATCACCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACAGTATTa < 1:1494770/69‑1 (MQ=255)cccGGCGGTGCGCCCATCACCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACAGTATTa < 1:1475154/69‑1 (MQ=255) cggcggTGCGCCCATCACCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTaa < 1:1280469/68‑1 (MQ=255) aCCTGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:3219555/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:1942195/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:192810/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:2749256/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:1883899/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:3200088/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:1785658/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:3221131/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:1725493/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:1599286/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:2682366/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:1437385/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:686395/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:512877/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:654426/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:577155/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:137416/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:1356620/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:125032/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:2487752/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:2457067/1‑69 (MQ=255) aCCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGgat > 1:1137259/1‑69 (MQ=255) cTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACAGTATTa < 1:1643393/46‑1 (MQ=255) ccGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:3058068/69‑1 (MQ=255) ccGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:1733452/69‑1 (MQ=255) ccGAAAGGCGATCGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:127437/69‑1 (MQ=255) gATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTg < 1:1930216/69‑1 (MQ=255) gATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTg < 1:148118/69‑1 (MQ=255) gATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTg < 1:2184119/69‑1 (MQ=255) aTGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGt > 1:1288814/1‑69 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTa > 1:2059318/1‑57 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:2615688/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:1072749/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:2432064/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:3347981/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:3361613/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:354760/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:600181/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:652595/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:93021/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:2325714/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:2287214/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:2229614/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:1199412/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:1244991/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:1378729/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:1926011/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:1437420/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:176695/1‑58 (MQ=255) tGGCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt > 1:1767038/1‑58 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:2447433/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:1132742/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:1134633/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:3382601/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:3370048/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:1535205/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:3100179/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:1862708/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:284366/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:2529709/1‑47 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGACAGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCa > 1:2586547/1‑47 (MQ=255) cGACGGTATTATTGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:1415064/47‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:1001052/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:18603/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:761575/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:695600/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:221705/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:643348/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:2123288/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:272420/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:522938/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTAt < 1:2965519/46‑1 (MQ=255) gACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTg < 1:1469608/55‑1 (MQ=255) | CCCGGCGGTGCGCCCATCACCGGCTTTTTGCATATGCCGAAAGGCGATGGCCCGTTCCCGACGGTATTAATGTGTGGTGGTCTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGT > minE/226430‑226544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |