| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,646,646 | T→C | 35.0% | L144L (TTG→CTG) | asd → | aspartate‑semialdehyde dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,646,646 | 0 | T | C | 35.0% | 66.3 / 56.2 | 97 | L144L (TTG→CTG) | asd | aspartate‑semialdehyde dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/37); new base C (18/16); total (44/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCGTTGCAACCTACCAGGCCGC > minE/2646580‑2646707 | ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:1306985/69‑1 (MQ=255)ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:1728229/69‑1 (MQ=255)ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:2646120/69‑1 (MQ=255)ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:3433278/69‑1 (MQ=255)ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:665680/69‑1 (MQ=255)ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:290367/69‑1 (MQ=255)ggATTAAATAATGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:1721358/69‑1 (MQ=255) taatGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg < 1:3185908/61‑1 (MQ=255) atGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTg > 1:957874/1‑59 (MQ=255) atGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTAt > 1:417030/1‑69 (MQ=255) atGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTAt > 1:1467272/1‑69 (MQ=255) atGGCATCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTAt > 1:994420/1‑69 (MQ=255) aTCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:1117751/1‑69 (MQ=255) aTCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:3402748/1‑69 (MQ=255) aTCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:792532/1‑69 (MQ=255) tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:3050400/1‑68 (MQ=255) tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:1530787/1‑68 (MQ=255) tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGcc > 1:694463/1‑68 (MQ=255) tCAGGACTTTTGTTGGCGGTAACTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGCTGGGTGGTTTATTCGCCa > 1:2319391/1‑69 (MQ=255) 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aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1574437/69‑1 (MQ=255) aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:2840142/69‑1 (MQ=255) aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:2664899/69‑1 (MQ=255) aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1846908/69‑1 (MQ=255) aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1444228/69‑1 (MQ=255) aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1396353/69‑1 (MQ=255) aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1881634/69‑1 (MQ=255) aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1955654/69‑1 (MQ=255) aaCTGTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGgtg < 1:1334171/69‑1 (MQ=255) gTACCGTAAGCCTGATGTTGATGTCGTTGGGTGGTTTATTCGCCAATGATCTTGTTGATTGGGTGTCCg > 1:3432746/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |