| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,647,670 | A→G | 48.9% | G26G (GGA→GGG) | glgB → | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,647,670 | 0 | A | G | 48.9% | ‑4.1 / 67.4 | 75 | G26G (GGA→GGG) | glgB | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/18); new base G (18/18); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGCCCTTTTACCCGACGCTACCGATG > minE/2647605‑2647728 | aTCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAAt > 1:2465173/1‑68 (MQ=255)aTCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATg > 1:307301/1‑69 (MQ=255)aTCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATg > 1:1853042/1‑69 (MQ=255)aTCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATg > 1:136901/1‑69 (MQ=255)aTCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATg > 1:545941/1‑69 (MQ=255)aTCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATg > 1:161898/1‑69 (MQ=255) tCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATg > 1:2600702/1‑68 (MQ=255) tCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATg > 1:3390972/1‑68 (MQ=255) agagACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATaaa > 1:137330/1‑69 (MQ=255) agagACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATaaa > 1:354479/1‑69 (MQ=255) gaCGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAac < 1:867179/68‑1 (MQ=255) gaCGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAac < 1:1590051/68‑1 (MQ=255) gaCGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATATTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAac < 1:418938/68‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGTCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:805636/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGTATGCATAAAACCACcgc < 1:3373143/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:2603630/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:2427372/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:2799898/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:1305298/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:3117170/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:372814/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:533825/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:77551/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:870074/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:1132045/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:1308059/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:187058/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:1390434/69‑1 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACcgc > 1:486/1‑69 (MQ=255) gATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACcgc > 1:2747944/1‑69 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:2929890/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:1631558/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:1617883/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:1688278/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:1701232/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:486489/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:3132815/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:1409872/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:1864464/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:600308/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:2712756/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:81460/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:2025620/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:2561194/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:932093/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:2409839/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:2365432/1‑53 (MQ=255) aTTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGAt > 1:2330010/1‑53 (MQ=255) aaCGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGa > 1:2159239/1‑69 (MQ=255) aCGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:390560/64‑1 (MQ=255) cTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:2475345/59‑1 (MQ=255) aTTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:3392003/56‑1 (MQ=255) tGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGGATGCATAAAACCACcgc < 1:2967283/54‑1 (MQ=255) tGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc < 1:1559658/67‑1 (MQ=255) tGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc < 1:2584480/67‑1 (MQ=255) tGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc < 1:553228/67‑1 (MQ=255) tGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc < 1:2140804/67‑1 (MQ=255) tGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc < 1:701847/67‑1 (MQ=255) gCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc > 1:350614/1‑66 (MQ=255) gCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc > 1:3279580/1‑66 (MQ=255) gCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc > 1:3265115/1‑66 (MQ=255) gCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTc > 1:751580/1‑66 (MQ=255) gCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCg > 1:389007/1‑68 (MQ=255) gCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGt > 1:878376/1‑69 (MQ=255) gCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGt > 1:1788108/1‑69 (MQ=255) ggCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGc < 1:2065169/68‑1 (MQ=255) ggCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGc < 1:1365140/68‑1 (MQ=255) ggCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGc < 1:581735/68‑1 (MQ=255) ggCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGc < 1:154103/68‑1 (MQ=255) tttGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGCCCTTTTa < 1:3171100/69‑1 (MQ=255) ccTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGCCCTTTTACCCGACGCt < 1:965209/69‑1 (MQ=255) ccTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGCCCTTTTACCCGACGCt < 1:377055/69‑1 (MQ=255) ccTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGCCCTTTTACCCGACGCt < 1:869130/69‑1 (MQ=255) cGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGCCCTTTTACCCGACGCTACCGAtg < 1:2025329/68‑1 (MQ=255) cGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGCCCTTTTACCCGACGCTACCGAtg < 1:3002493/68‑1 (MQ=255) | ATCGATAGAGACGTGATTAACGCGCTAATTGCAGGCCATTTTGCGGATCCTTTTTCCGTACTGGGAATGCATAAAACCACCGCGGGACTGGAAGTCCGTGCCCTTTTACCCGACGCTACCGATG > minE/2647605‑2647728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |