| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,648,441 | C→T | 18.6% | H283H (CAC→CAT) | glgB → | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,648,441 | 0 | C | T | 18.6% | 151.7 / 20.7 | 96 | H283H (CAC→CAT) | glgB | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/44); new base T (6/12); total (40/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
TGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTG > minE/2648380‑2648507 | tGAGCTACCGCGAGTTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGa < 1:1717134/67‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACTTCGAac < 1:435360/69‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:752530/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:1598181/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:1954182/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:1542878/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:1507625/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:2956833/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:3042810/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:3392661/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:1252044/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:3428579/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:1099317/66‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGa < 1:3199465/67‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGa < 1:1495776/67‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGa < 1:2727120/67‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGa < 1:2078627/67‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:3027514/1‑69 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:2521769/1‑69 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac < 1:2519015/69‑1 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:2354310/1‑69 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:552754/1‑69 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:1893356/1‑69 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:182270/1‑69 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:1051331/1‑69 (MQ=255)tGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac < 1:1357041/69‑1 (MQ=255)tGAGCTACAGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:974573/66‑1 (MQ=255) gtgCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGa < 1:2412778/64‑1 (MQ=255) gAGTTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg < 1:2887518/65‑1 (MQ=255) cTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAactac < 1:1009053/68‑1 (MQ=255) aCCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAac > 1:1532309/1‑63 (MQ=255) aCCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCATATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTg > 1:2750957/1‑68 (MQ=255) aCCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCATATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTg > 1:784997/1‑68 (MQ=255) aCCGCGAGCTCGCCGATCAACTGGTGCCATATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAactact > 1:2240405/1‑67 (MQ=255) cGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAg < 1:1161464/67‑1 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCAc > 1:3371272/1‑39 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:2886801/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:1538013/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:1513252/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:457624/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:2188640/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:1553978/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:3128026/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:1727140/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:1596122/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:184322/1‑43 (MQ=255) cAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCg > 1:211051/1‑43 (MQ=255) aaCTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGa < 1:2569012/43‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2046223/69‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:3223849/69‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:1586379/69‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2743540/69‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2730812/69‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2208749/69‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2558836/69‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2569682/69‑1 (MQ=255) tGGTGCCTTATGCTAAATGGATTGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGGATCCCTTc < 1:1589817/68‑1 (MQ=255) tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:1927873/68‑1 (MQ=255) tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:168202/68‑1 (MQ=255) tGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTc < 1:2059503/68‑1 (MQ=255) ccTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCAt < 1:998065/57‑1 (MQ=255) ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2509653/1‑69 (MQ=255) ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2438107/1‑69 (MQ=255) ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2270464/1‑69 (MQ=255) ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:2071725/1‑69 (MQ=255) ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:3240086/1‑69 (MQ=255) ttATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCATCTCGAGCTACTGCCTATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAg > 1:1958128/1‑69 (MQ=255) aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:15485/1‑69 (MQ=255) aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:536401/1‑69 (MQ=255) aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:2914651/1‑69 (MQ=255) aTGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGtt > 1:916888/1‑69 (MQ=255) cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCAtt > 1:1415229/1‑41 (MQ=255) cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:1176829/1‑69 (MQ=255) cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:264364/1‑69 (MQ=255) cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:1683382/1‑69 (MQ=255) cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:2109974/1‑69 (MQ=255) cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTggg > 1:212233/1‑69 (MQ=255) cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTgg > 1:786808/1‑68 (MQ=255) cTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCACTTCGATGGCAGTTgg > 1:2135671/1‑68 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2272190/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:975960/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1608531/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:928276/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1834117/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:742965/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1158374/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3096251/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2373106/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2500074/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1347435/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:2571652/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3352901/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1466150/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3235109/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3007233/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3211231/69‑1 (MQ=255) cACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:3169264/69‑1 (MQ=255) ccTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTg < 1:1452300/67‑1 (MQ=255) | TGAGCTACCGCGAGCTGGCCGATCAACTGGTGCCTTATGCTAAATGGATGGGCTTTACCCACCTCGAACTACTGCCCATTAACGAGCATCCCTTCGATGGCAGTTGGGGTTATCAGCCAACCGGCCTG > minE/2648380‑2648507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |