| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,660,342 | C→T | 37.8% | L234L (CTG→TTG) | glpG → | predicted intramembrane serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,660,342 | 0 | C | T | 37.8% | 32.4 / 33.6 | 58 | L234L (CTG→TTG) | glpG | predicted intramembrane serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/20); new base T (4/18); total (20/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
TGGCTACGTGGCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGCACACATC > minE/2660276‑2660407 | tGGCTACGTGGCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTg > 1:1237988/1‑69 (MQ=255)tGGCTACGTGGCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTg > 1:51871/1‑69 (MQ=255)tGGCTACGTGGCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTg > 1:2532210/1‑69 (MQ=255) gCTACGTGGCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGAt > 1:1585784/1‑69 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:1960428/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:114956/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:2045809/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:2238402/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:2427165/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:2468626/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:2602042/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:2610814/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:3045641/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:3222050/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:3247805/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:398304/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:529248/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:927408/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:1862535/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:1267097/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:1355392/69‑1 (MQ=255) gCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTg < 1:1463433/69‑1 (MQ=255) gAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTGTc > 1:1959529/1‑69 (MQ=255) gAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTGTc > 1:1007124/1‑69 (MQ=255) gAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTGTc > 1:3289070/1‑69 (MQ=255) gAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGTTGATCTGGATTGTc > 1:2746099/1‑69 (MQ=255) aaGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGa < 1:1918285/69‑1 (MQ=255) aaGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGa < 1:899857/69‑1 (MQ=255) aaGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGa < 1:2935985/69‑1 (MQ=255) aaGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGa < 1:1690176/69‑1 (MQ=255) aaGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGa < 1:2514740/69‑1 (MQ=255) aaGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGa < 1:1729115/69‑1 (MQ=255) aaGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCACTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGa < 1:3216501/69‑1 (MQ=255) gTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGAtt > 1:228723/1‑69 (MQ=255) ttACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:1766003/69‑1 (MQ=255) ttACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:1482345/69‑1 (MQ=255) ttACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:3145323/69‑1 (MQ=255) tACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCt > 1:1379930/1‑37 (MQ=255) tACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTggg > 1:1910104/1‑69 (MQ=255) tACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTggg > 1:1719302/1‑69 (MQ=255) tACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTggg > 1:227462/1‑69 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:1706445/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:3007272/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:3003423/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:2187242/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:65455/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:621716/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:404900/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:459592/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:273750/63‑1 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTc > 1:3226917/1‑69 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTc > 1:3410780/1‑69 (MQ=255) gCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATT‑TCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTgg < 1:2343554/62‑1 (MQ=255) aTCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGca > 1:2905643/1‑69 (MQ=255) aTCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGca > 1:2620770/1‑69 (MQ=255) aTCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGca > 1:2341228/1‑69 (MQ=255) aTCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGca > 1:322529/1‑69 (MQ=255) aTCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGca > 1:3018967/1‑69 (MQ=255) cgcTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGCACACATc < 1:1484003/68‑1 (MQ=255) | TGGCTACGTGGCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGCACACATC > minE/2660276‑2660407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |