| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,663,412 | T→G | 52.3% | A132A (GCT→GCG) | rtcB → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,663,412 | 0 | T | G | 52.3% | 10.1 / 68.5 | 65 | A132A (GCT→GCG) | rtcB | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/13); new base G (8/26); total (26/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
TACCACTGGCCGTTGTAAACGTGATAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTCCTG > minE/2663349‑2663472 | tACCACTGGCCGTTGTAAACGTGATAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATg < 1:2307762/69‑1 (MQ=255) tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:234685/69‑2 (MQ=255) tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:469046/69‑2 (MQ=255) tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:1428075/69‑2 (MQ=255) tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:366303/69‑2 (MQ=255) tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:1897040/69‑2 (MQ=255) tGTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTCAGCTGGag < 1:2112185/69‑2 (MQ=255) gTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:2299436/68‑2 (MQ=255) gTAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:258261/68‑2 (MQ=255) tAAACGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:1405006/67‑2 (MQ=255) aCGTGATAAAGGCGCATGGGAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGag < 1:437817/64‑2 (MQ=255) aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:1047685/69‑1 (MQ=255) aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:2413736/69‑1 (MQ=255) aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:2548578/69‑1 (MQ=255) aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:1952252/69‑1 (MQ=255) aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:1864561/69‑1 (MQ=255) aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:1302375/69‑1 (MQ=255) aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:122997/69‑1 (MQ=255) aTAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATc < 1:721529/69‑1 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATTGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:163944/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAg > 1:3061909/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:2856675/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:306580/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:3244650/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:451811/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:585856/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:2534914/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:66497/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:824290/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:1398951/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:2044473/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:2040559/1‑69 (MQ=255) aaGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGt > 1:1408305/1‑69 (MQ=255) tGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGtt < 1:45469/69‑1 (MQ=255) tGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGtt < 1:3042300/69‑1 (MQ=255) ggCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGtt < 1:3192339/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:3178546/1‑57 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1044895/1‑57 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1079157/1‑57 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1464163/1‑57 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1471180/1‑57 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:1490785/1‑57 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:3207524/1‑57 (MQ=255) gAAAATCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAg > 1:2598495/1‑57 (MQ=255) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:41506/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2315064/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:1127413/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:578161/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2344960/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2099393/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2556741/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2961647/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:3434576/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2765688/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2810065/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:2196057/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:1587369/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:1638605/69‑1 (MQ=38) aaaTCCGCCTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCGGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:1321797/69‑1 (MQ=38) cTGTTAACGTCGATGCGAAATGGGCTGAGCTGGAGGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCaaaa < 1:234327/61‑1 (MQ=38) aaCGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGttt > 1:503205/1‑68 (MQ=255) aaCGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTc > 1:1711877/1‑69 (MQ=255) aaCGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTc > 1:1972469/1‑69 (MQ=255) aaCGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTc > 1:1688997/1‑69 (MQ=255) gTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTCCTg < 1:3374436/69‑1 (MQ=255) | TACCACTGGCCGTTGTAAACGTGATAAAGGTGCCTGGGAAAATCCACCTGTTAACGTCGATGCTAAATGGGCTGAGCTTGAAGCCGGTTATCAGTGGTTAACGCAAAAATATCCCCGTTTCCTG > minE/2663349‑2663472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |