| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,671,959 | C→T | 28.6% | R312C (CGC→TGC) | malQ → | 4‑alpha‑glucanotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,671,959 | 0 | C | T | 28.6% | 122.1 / 50.5 | 115 | R312C (CGC→TGC) | malQ | 4‑alpha‑glucanotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/32); new base T (28/5); total (78/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GCGACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGAAGTGCGTCAGTTC > minE/2671891‑2672024 | gCGACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgc > 1:1010376/1‑69 (MQ=255) gACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:2850394/69‑1 (MQ=255) gACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:1568684/69‑1 (MQ=255) gACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:1397122/69‑1 (MQ=255) gACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:547177/69‑1 (MQ=255) gACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:591964/69‑1 (MQ=255) gACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:607107/69‑1 (MQ=255) gACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:69779/69‑1 (MQ=255) gACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:1042019/69‑1 (MQ=255) aCAGCCTGTTCTAGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATgcgc < 1:449109/68‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTgg < 1:353772/69‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTgg < 1:3140243/69‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTgg < 1:1305631/69‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTgg < 1:2380334/69‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTgg < 1:2134348/69‑1 (MQ=255) cTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:319352/1‑69 (MQ=255) cTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:2352084/1‑69 (MQ=255) cTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:2812506/1‑69 (MQ=255) cTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:2562371/1‑69 (MQ=255) cTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:2265170/1‑69 (MQ=255) cTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:222133/1‑69 (MQ=255) cTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:1531324/1‑69 (MQ=255) cTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:1562394/1‑69 (MQ=255) cTGGCAGGCAGACTTTGATGCGCTACATGCCCAGAAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGcc > 1:299342/1‑69 (MQ=255) ggcagCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCGTg < 1:243506/69‑1 (MQ=255) ggcagCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATg < 1:573006/69‑1 (MQ=255) cagCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATg > 1:2165749/1‑67 (MQ=255) ccTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCag < 1:2941645/69‑1 (MQ=255) cTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGc > 1:3267114/1‑65 (MQ=255) cTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGc > 1:2083171/1‑65 (MQ=255) cTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGc > 1:1167593/1‑65 (MQ=255) cTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGc > 1:2313102/1‑65 (MQ=255) cTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGc > 1:1451973/1‑65 (MQ=255) cTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGAATGGc > 1:2014824/1‑65 (MQ=255) cTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATACGCTGGGGCTGGCCTGCATGGc > 1:2807035/1‑65 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:3380222/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:1151071/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:286395/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:3261080/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:567381/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:2082694/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:127451/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:1664544/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:1807662/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCagag > 1:869916/1‑69 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGTCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:2265412/69‑1 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:743438/69‑1 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:3214167/69‑1 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:725289/69‑1 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:2951646/69‑1 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:1982792/69‑1 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:1686752/69‑1 (MQ=255) tttGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:1634184/69‑1 (MQ=255) gATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCt > 1:1485939/1‑54 (MQ=255) gATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATg > 1:3177413/1‑69 (MQ=255) gATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATg > 1:1788612/1‑69 (MQ=255) gATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATg > 1:327370/1‑69 (MQ=255) gATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATg > 1:2002646/1‑69 (MQ=255) gATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATg > 1:2777258/1‑69 (MQ=255) cTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAg < 1:1538843/69‑1 (MQ=255) tGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACg > 1:2715118/1‑68 (MQ=255) tGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACg > 1:3214650/1‑68 (MQ=255) tGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACg > 1:2662840/1‑68 (MQ=255) tGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACg > 1:2262945/1‑68 (MQ=255) gCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTg < 1:3303846/69‑1 (MQ=255) gCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTg < 1:1450498/69‑1 (MQ=255) gCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTg < 1:829482/69‑1 (MQ=255) gCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTg < 1:914898/69‑1 (MQ=255) cAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:957442/51‑1 (MQ=255) aaGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTg > 1:187483/1‑36 (MQ=255) aaGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTc > 1:310243/1‑67 (MQ=255) aaGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTc > 1:1267717/1‑67 (MQ=255) aaGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTc > 1:1981217/1‑67 (MQ=255) aaGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTc > 1:1999061/1‑67 (MQ=255) gTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCa > 1:177596/1‑36 (MQ=255) gTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCAcc > 1:192830/1‑68 (MQ=255) gTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCAcc > 1:2244142/1‑68 (MQ=255) gTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCAcc > 1:434200/1‑68 (MQ=255) gTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCAcc > 1:111679/1‑68 (MQ=255) tGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCagag < 1:614849/44‑1 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATc > 1:149128/1‑49 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACg > 1:1055587/1‑55 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:2863515/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:3156881/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:943149/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:1955518/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:1979843/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:110414/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:1279981/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:2349858/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:2571517/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGaa > 1:1402298/1‑69 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGa > 1:211141/1‑68 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGa > 1:524044/1‑68 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGa > 1:3005907/1‑68 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGa > 1:3399989/1‑68 (MQ=255) aaaGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGa > 1:319309/1‑68 (MQ=255) aTGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGAAGTGCGCCAGTTc < 1:1062787/69‑1 (MQ=255) aTGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGAAGTGCGCCAGTTc < 1:832707/69‑1 (MQ=255) aTGTGCTGGGGCTGGCCAGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGAAGTGCGCCAGTTc < 1:1418553/69‑1 (MQ=255) | GCGACAGCCTGTTCTGGCAGGCAGCCTTTGATGCGCTACATGCCCAGCAAGTGAAAGAGGACGAAATGCGCTGGGGCTGGCCTGCATGGCCAGAGATGTATCAGAACGTGGATTCACCAGAAGTGCGTCAGTTC > minE/2671891‑2672024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |