| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,676,545 | T→G | 51.9% | R98R (CGT→CGG) | bioH → | carboxylesterase of pimeloyl‑CoA synthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,676,545 | 0 | T | G | 51.9% | 9.6 / 56.0 | 56 | R98R (CGT→CGG) | bioH | carboxylesterase of pimeloyl‑CoA synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/15); new base G (8/21); total (20/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGTTAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGA > minE/2676483‑2676609 | tGGTTAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAg > 1:2510267/1‑69 (MQ=255)tGGTTAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAg > 1:814544/1‑69 (MQ=255) ttAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGgc < 1:1569367/68‑1 (MQ=255) gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:1406126/1‑69 (MQ=255) gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:2399309/1‑69 (MQ=255) gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:2817993/1‑69 (MQ=255) gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:593573/1‑69 (MQ=255) gAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGAGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCAc > 1:2633542/1‑69 (MQ=255) tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:721502/69‑1 (MQ=255) tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:2591842/69‑1 (MQ=255) tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:1424490/69‑1 (MQ=255) tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:2311266/69‑1 (MQ=255) tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:2138899/69‑1 (MQ=255) tggtggCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCAc < 1:525181/69‑1 (MQ=255) aGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGtttt < 1:2829419/69‑1 (MQ=255) aGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGtttt < 1:1494738/69‑1 (MQ=255) aGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGtttt < 1:1878156/69‑1 (MQ=255) aGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGtttt < 1:1864559/69‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt < 1:2002/60‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt > 1:3300357/1‑60 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt < 1:2221760/60‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt > 1:2321382/1‑60 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt < 1:1004459/60‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt > 1:56696/1‑60 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt < 1:1687856/60‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3331665/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2646941/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3179639/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3332908/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3355066/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3362268/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3435306/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:55679/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:816963/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2871556/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2771670/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2721257/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2369170/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:2076787/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:1455439/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:1488399/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:1732028/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:1689837/57‑1 (MQ=255) tGCGTTAACCCATCCAGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGttt > 1:1526903/1‑60 (MQ=255) tGCGTTAACCCAACCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:3074085/57‑1 (MQ=255) aaCCCATCGCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:468884/51‑1 (MQ=255) aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCCCCGTGTTTTa > 1:825041/1‑51 (MQ=255) aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCgcg > 1:3000719/1‑58 (MQ=255) aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:900649/1‑69 (MQ=255) aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:630226/1‑69 (MQ=255) aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:1942604/1‑69 (MQ=255) aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:1947645/1‑69 (MQ=255) aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:2062936/1‑69 (MQ=255) aTCCCGAGCGGGTTCTGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGCGACGAGTGGc > 1:2324553/1‑69 (MQ=255) aGCGGGTGCTGGCGCTGGCCACCGTGGCGTCGTCACCTTg < 1:650745/40‑1 (MQ=25) cGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGa > 1:779284/1‑67 (MQ=255) | TGGTTAGGCTGGAGTCTGGGCGGGCTGGTGGCAAGCCAGATTGCGTTAACCCATCCCGAGCGTGTTCAGGCGCTGGTCACCGTGGCGTCGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGA > minE/2676483‑2676609 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |