| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,678,841 | T→C | 36.6% | I617V (ATA→GTA) | feoB ← | fused ferrous iron transporter, protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,678,841 | 0 | T | C | 36.6% | 59.6 / 63.0 | 101 | I617V (ATA→GTA) | feoB | fused ferrous iron transporter, protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/18); new base C (15/22); total (61/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.94e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTGAACAGCTCTTCACCGAGGTTAAATTCTGCCGGATTGAACTCT > minE/2678781‑2678890 | tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:301548/68‑1 (MQ=255)tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:3191415/68‑1 (MQ=255)tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:2301060/68‑1 (MQ=255)tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:1936204/68‑1 (MQ=255)tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:1746934/68‑1 (MQ=255)tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:1633604/68‑1 (MQ=255)tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:2442985/68‑1 (MQ=255)tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:2484842/68‑1 (MQ=255)tGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTg < 1:296655/68‑1 (MQ=255) 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TGGGGTTCATCAGTACGCTAAGGCTGAAGGTGTCTTTCAGGCTCTGCCAGGTTTCATCTATCGCACTGAACAGCTCTTCACCGAGGTTAAATTCTGCCGGATTGAACTCT > minE/2678781‑2678890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |