| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 28,980 | G→T | 67.8% | V162V (GTG→GTT) | carB → | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 28,980 | 0 | G | T | 67.8% | 51.3 / 41.1 | 59 | V162V (GTG→GTT) | carB | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/11); new base T (26/14); total (34/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCTGGAAACCGCGCGTTCCGGTATCGCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGCGGCGGTATCGCT > minE/28912‑29040 | ggTCTGGACACCGCGCGTTCCGGTATCGCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTg < 1:658296/69‑1 (MQ=255)ggTCTGGAAACCGCGCGTTCCGGTATCGCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTg < 1:2667209/69‑1 (MQ=255)ggTCTGGAAACCGCGCGTTCCGGTATCGCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTg < 1:1571164/69‑1 (MQ=255)ggTCTGGAAACCGCGCGTTCCGGTATCGCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTg < 1:3180487/69‑1 (MQ=255) gcgTTCCGGTATCGCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCat < 1:392382/69‑1 (MQ=255) gTTCCGGTATCGCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCatta < 1:1646217/69‑1 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATcc > 1:3178792/1‑69 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATcc > 1:2572168/1‑69 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATcc > 1:1507874/1‑69 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATcc > 1:1015059/1‑69 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATcc > 1:865200/1‑69 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATc < 1:3274399/68‑1 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATc < 1:2679392/68‑1 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATc < 1:2767293/68‑1 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATc < 1:2884139/68‑1 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATc < 1:1806331/68‑1 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATc < 1:3124492/68‑1 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATc < 1:3254334/68‑1 (MQ=255) gCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCACCCATc < 1:2085752/68‑1 (MQ=255) acacacGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCtt < 1:112333/69‑1 (MQ=255) cacTATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTAc > 1:1163331/1‑69 (MQ=255) cacGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTAc > 1:1256909/1‑69 (MQ=255) agaagCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGc > 1:3195183/1‑67 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:724806/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:77971/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:3099358/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:3073774/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:25634/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:1364778/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:2312896/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:2242892/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:2094067/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:1820335/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:1052009/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:106809/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:1139057/69‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGTTGCCGCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAgcg < 1:1702240/69‑1 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGTTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:1249277/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGc > 1:980418/1‑68 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGc > 1:389037/1‑68 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGc > 1:3115367/1‑68 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGc > 1:3037366/1‑68 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:595034/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:804087/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:519366/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:1022413/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:890951/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:3128282/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:1375222/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:3188856/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:1408739/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:1420745/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:2407940/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:1580716/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:173020/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:3032256/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:2983684/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:2924010/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:2321490/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:1008555/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:2554799/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGTGGCGGTATCGCt > 1:2431281/1‑69 (MQ=255) gCTGAAGTTGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAG‑GGTGGCGGTATCGCt > 1:1269653/1‑68 (MQ=255) | GGTCTGGAAACCGCGCGTTCCGGTATCGCACACACGATGGAAGAAGCGCTGGCGGTTGCCGCTGACGTGGGCTTCCCGTGCATTATTCGCCCATCCTTTACCATGGGCGGTAGCGGCGGCGGTATCGCT > minE/28912‑29040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |