| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,684,679 | A→G | 61.7% | L56L (TTA→TTG) | ompR → | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EnvZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,684,679 | 0 | A | G | 61.7% | 65.1 / 72.1 | 112 | L56L (TTA→TTG) | ompR | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EnvZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/22); new base G (19/50); total (40/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TAATGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAACCCGATGCCG > minE/2684616‑2684745 | tAATGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGtt < 1:2069840/69‑1 (MQ=255)tAATGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGtt < 1:2283688/69‑1 (MQ=255)tAATGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGt < 1:1078651/68‑1 (MQ=255) aaTGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTa < 1:1707948/69‑1 (MQ=255) aaTGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTa < 1:2347491/69‑1 (MQ=255) aaTGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTa < 1:2586843/69‑1 (MQ=255) aaTGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTa < 1:1173171/69‑1 (MQ=255) cAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGaa < 1:1003992/69‑1 (MQ=255) tGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATg < 1:762005/69‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1791959/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:5062/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:956499/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1818685/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1944807/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:939115/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:2080187/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:2083072/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:878479/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:2316886/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:251669/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:2554485/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:676388/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:666454/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:2691110/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:272480/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:274969/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:2994851/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1528245/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:120672/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1464981/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1157340/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1103101/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:148396/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1487089/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1539776/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:1788778/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTCACCTgg < 1:696282/52‑1 (MQ=255) tgctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGa < 1:628149/69‑1 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGt > 1:2732913/1‑43 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:3183214/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:531471/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:3244749/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:3146021/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:2905633/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:3258699/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:3413942/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:3434648/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:612860/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:1968801/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:2011663/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:2188632/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:1922437/1‑57 (MQ=255) ctgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGAt > 1:1466913/1‑57 (MQ=255) tgACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:794566/49‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:2831032/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:3159964/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:1055542/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:3079290/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:662127/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:2964365/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:1621794/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:3269881/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:2765269/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:3398473/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:700906/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:445318/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:112777/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:1173089/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:1199542/68‑1 (MQ=255) tCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:2539183/68‑1 (MQ=255) tCGGGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGcc < 1:2618493/68‑1 (MQ=255) gAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGAc < 1:1887306/67‑1 (MQ=255) gAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGAc < 1:815456/67‑1 (MQ=255) gAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGAc < 1:289896/67‑1 (MQ=255) gAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGAc < 1:1057854/67‑1 (MQ=255) aaTCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTGATGTTACCTgg < 1:2942124/40‑1 (MQ=255) tttCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCtt > 1:2715667/1‑67 (MQ=255) ttATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCag > 1:677632/1‑68 (MQ=255) ttATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCag > 1:653919/1‑68 (MQ=255) ttATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCag > 1:1171637/1‑68 (MQ=255) ggATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAAccc < 1:1059038/66‑1 (MQ=255) ggATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAAccc < 1:1023229/66‑1 (MQ=255) ggATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAAccc < 1:1153710/66‑1 (MQ=255) ggATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAAccc < 1:2709842/66‑1 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:3223631/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:1689602/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:105140/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:801609/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:2206735/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:2332585/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:7511/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:2449802/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:2804955/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGcc > 1:3113178/1‑69 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGc > 1:640525/1‑68 (MQ=255) tttAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTTAGAGCAACCCGATGc > 1:359446/1‑68 (MQ=255) tAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAAc > 1:2391678/1‑59 (MQ=255) tAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAACCCGATGCCg > 1:1213822/1‑68 (MQ=255) tAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAACCCGATGCCg > 1:1999296/1‑68 (MQ=255) tAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAACCCGATGCCg > 1:1886317/1‑68 (MQ=255) | TAATGCAGAACAGATGGATCGCCTGCTGACTCGTGAATCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGACGTCTTCGTAGTCAGAGCAACCCGATGCCG > minE/2684616‑2684745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |