| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,687,100 | A→C | 54.9% | G393G (GGT→GGG) | pck ← | phosphoenolpyruvate carboxykinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,687,100 | 0 | A | C | 54.9% | 30.8 / 82.3 | 82 | G393G (GGT→GGG) | pck | phosphoenolpyruvate carboxykinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/27); new base C (28/17); total (38/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
CCGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGATACTGGGTTTGATCGGCAGTCAG > minE/2687045‑2687159 | ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:1006381/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:1741838/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:1972667/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:20123/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:3204597/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:2847925/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:2346039/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:2629058/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:2520655/1‑69 (MQ=255)ccGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTAAGTACCGGCCAGTTTgg > 1:2108685/1‑69 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:187835/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:1112125/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:2269584/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:2319372/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:2539504/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:2682988/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:3204422/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:404465/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:408680/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:525292/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:592355/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:750663/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:927642/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:1441352/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:1332438/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:130263/69‑1 (MQ=255) cgcCGAAGCAGGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCgg < 1:1196351/69‑1 (MQ=255) caagcGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCa < 1:917275/69‑1 (MQ=255) caagcGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGACa < 1:3042602/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTGGCGTCGGTTCGGTTATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGa < 1:1365020/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGa < 1:1722008/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGa < 1:3195769/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGa < 1:31129/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGa < 1:2286293/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGa < 1:1576345/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGa < 1:1795151/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGa < 1:2551846/69‑1 (MQ=255) aGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:612137/69‑1 (MQ=255) aGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:996075/69‑1 (MQ=255) aGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:816484/69‑1 (MQ=255) aGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:2892639/69‑1 (MQ=255) aGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:1495646/69‑1 (MQ=255) aGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:1839280/69‑1 (MQ=255) aGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:1986813/69‑1 (MQ=255) ggTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:2584023/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGt < 1:1165443/68‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTTGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:2975358/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCa > 1:247538/1‑39 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:2063052/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:444035/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:1282676/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:3408821/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:339459/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:1673002/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:2233174/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:1579002/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:1563094/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:1960403/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:1466992/1‑67 (MQ=255) ttGGCGTAGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTggt > 1:555114/1‑67 (MQ=255) 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cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:1160254/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:1445220/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:757411/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:2279472/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:664948/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:630517/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:2190601/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:1642348/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:360623/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:49210/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:1500956/1‑66 (MQ=255) cTCAGTCCCGGACAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGGTACTGGGTTTGATCGGCAGTCAg > 1:1815230/1‑66 (MQ=255) | CCGCGCCGAAGCAAGCGGAGAAGGTTGGCGTCGGTTCGGTGATGCCACGCTCAGTACCGGCCAGTTTGGCGGTGAAGCCAGAGAGGAAGTGATACTGGGTTTGATCGGCAGTCAG > minE/2687045‑2687159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |