| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 230,518 | T→C | 40.3% | N138N (AAT→AAC) | proA → | gamma‑glutamylphosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 230,518 | 0 | T | C | 40.3% | 26.9 / 50.0 | 72 | N138N (AAT→AAC) | proA | gamma‑glutamylphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/29); new base C (14/15); total (28/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
GAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGA > minE/230473‑230579 | gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATTCTGCGcggcgg > 1:216205/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTgc > 1:951752/1‑59 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:994651/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:2103750/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:2927449/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:2501570/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:1639270/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:1551843/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:2597380/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:984987/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:1307840/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:2720227/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:1191848/1‑66 (MQ=255)gAACGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGcggcgg > 1:2737484/1‑66 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCTGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:2507337/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCTGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:3149964/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCTGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:816170/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:1299137/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:1647763/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:1683278/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:1925244/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:804508/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:2108447/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:2053188/69‑1 (MQ=255) cGTGACGGGTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCTGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:647848/69‑1 (MQ=255) gTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:176839/68‑1 (MQ=255) gTGACGGTTGATGTTGCTTCCCTGTGCCTGAAAACCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:1873017/68‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:3099745/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:2762986/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:1189182/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:1232497/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:2903039/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:2610491/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:880937/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:2064889/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:420516/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:1874090/69‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:2002004/69‑1 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGTAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACg > 1:3229406/1‑59 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTgcgc > 1:859307/1‑44 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACg > 1:848665/1‑59 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACg > 1:508938/1‑59 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACg > 1:1185280/1‑59 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACg > 1:635817/1‑59 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACg > 1:1037424/1‑59 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACg > 1:1799644/1‑59 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACg > 1:2320098/1‑59 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:98551/68‑1 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:878191/68‑1 (MQ=255) tcgcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACt < 1:2098187/68‑1 (MQ=255) tcgattcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAAc > 1:3127532/1‑58 (MQ=255) gcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTaa < 1:999431/68‑1 (MQ=255) gcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTaa < 1:2477724/68‑1 (MQ=255) gcttcgctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTaa < 1:2491582/68‑1 (MQ=255) gcttccctGGGCCTGAAAACCGGTAACGCTGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:774235/53‑1 (MQ=25) aaacCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTgg > 1:1363915/1‑67 (MQ=255) aaaaCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCg > 1:3048070/1‑69 (MQ=255) aaaaCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCg > 1:304267/1‑69 (MQ=255) aaaaCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCg > 1:2000485/1‑69 (MQ=255) aaaaCCGGTAACGCGGTGATCCTGCGCGGCGGCAAAGa < 1:2864094/38‑1 (MQ=37) aaCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGt < 1:1971655/69‑1 (MQ=255) aaCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGt < 1:1618649/69‑1 (MQ=255) aaCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGt < 1:2947311/69‑1 (MQ=255) aaCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGt < 1:2478643/69‑1 (MQ=255) aaCCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGt < 1:3190224/69‑1 (MQ=255) ccGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGtta < 1:1528825/69‑3 (MQ=255) ccGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGa < 1:198389/69‑1 (MQ=255) ccGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGa < 1:2109428/69‑1 (MQ=255) ccGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGa < 1:1398863/69‑1 (MQ=255) ccGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGa < 1:2458698/69‑1 (MQ=255) ccGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGa < 1:2691541/69‑1 (MQ=255) ccGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGa < 1:2873557/69‑1 (MQ=255) | GAACGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGA > minE/230473‑230579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |