| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,693,488 | G→A | 55.6% | T380T (ACC→ACT) | yrfF ← | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,693,488 | 0 | G | A | 55.6% | 10.3 / 49.5 | 63 | T380T (ACC→ACT) | yrfF | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/13); new base A (9/26); total (24/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGA > minE/2693423‑2693555 | cccTTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTCTTTTACGCtggt > 1:2376564/1‑68 (MQ=255)cccGTAGCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCGAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:437033/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:2935304/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:691575/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:2488003/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:2525651/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:2571630/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:2621191/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:872132/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:424196/1‑69 (MQ=255)cccGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCtggtg > 1:1231354/1‑69 (MQ=255) ccGCTGATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCa > 1:1938332/1‑69 (MQ=255) ccGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTc > 1:3018324/1‑68 (MQ=255) ccGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCa > 1:63215/1‑69 (MQ=255) ccGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCa > 1:3146255/1‑69 (MQ=255) ccGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCa > 1:2338823/1‑69 (MQ=255) ccGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCa > 1:1309084/1‑69 (MQ=255) ccGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCa > 1:1574177/1‑69 (MQ=255) ccGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCa > 1:464452/1‑69 (MQ=255) 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ccAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:1768050/69‑1 (MQ=255) ccAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:1821877/69‑1 (MQ=255) ccAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:2570630/69‑1 (MQ=255) ccAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:2149497/69‑1 (MQ=255) ccAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:1822066/69‑1 (MQ=255) ccAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:1894175/69‑1 (MQ=255) cAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCAATGGTCTgcgcgc < 1:506164/48‑1 (MQ=255) cAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:1596151/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:801733/68‑1 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGc < 1:237739/69‑1 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGc < 1:1748982/69‑1 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGc < 1:1905671/69‑1 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCgg > 1:639932/1‑68 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCgg > 1:1266387/1‑68 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCgg > 1:2011054/1‑68 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCgg > 1:2261112/1‑68 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCgg > 1:2293817/1‑68 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCgg > 1:583849/1‑68 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCgg > 1:2958605/1‑68 (MQ=255) aGTTGTTTTACGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCgg > 1:2559949/1‑68 (MQ=255) 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< 1:1993955/68‑1 (MQ=255) aCGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCGGCATATCCAg < 1:633029/68‑1 (MQ=255) aCGCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCACCCACGAGAGGGTGAATTTCAGCGGCATATCCAg < 1:3076489/68‑1 (MQ=255) gCTAGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCACGAGAGGGTg < 1:2021269/46‑1 (MQ=38) tggtggCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGa < 1:2061196/69‑1 (MQ=255) tggtggCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGa < 1:2145360/69‑1 (MQ=255) tggtggCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGa < 1:2633907/69‑1 (MQ=255) tggtggCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGa < 1:1491182/69‑1 (MQ=255) tggtggCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGa < 1:1040745/69‑1 (MQ=255) tggtggCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGa < 1:992224/69‑1 (MQ=255) tggtgaCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGa < 1:1305160/69‑1 (MQ=255) ggtggCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGa < 1:1910115/68‑1 (MQ=255) | CCCGTACCGCTAATACGCAATGTATCGCCTACCCGCACGCCAGCGTCAGCCAGTTGTTTTACGCTGGTGGCTTCAATGGTCTGCGCGCCTTTCATCCATGAGAGAGTGAATTTCAGCGGCATATCCAGCGGGA > minE/2693423‑2693555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |