| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,700,539 | C→G | 33.6% | V49V (GTC→GTG) | hofQ → | predicted fimbrial transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,700,539 | 0 | C | G | 33.6% | 114.2 / 83.7 | 110 | V49V (GTC→GTG) | hofQ | predicted fimbrial transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/40); new base G (19/18); total (52/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GGTGGATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAGATGTTCCCTGGAAGCAGGCA > minE/2700473‑2700602 | ggtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCgt > 1:2599975/1‑69 (MQ=255)ggtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCgt > 1:3353666/1‑69 (MQ=255)ggtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCg > 1:1238101/1‑68 (MQ=255)ggtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCg > 1:1462230/1‑68 (MQ=255)ggtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCCCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCg > 1:1279566/1‑68 (MQ=255) gtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCgtg > 1:2075862/1‑69 (MQ=255) gtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCgtg > 1:800296/1‑69 (MQ=255) gtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCgtg > 1:1581325/1‑69 (MQ=255) gtggATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCgtg > 1:2338609/1‑69 (MQ=255) gATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCgtgt > 1:661302/1‑67 (MQ=255) gATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTc > 1:1116721/1‑68 (MQ=255) gATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTc > 1:751791/1‑68 (MQ=255) gATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTc > 1:1394174/1‑68 (MQ=255) gATGACGTTCCGGTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTc > 1:3148233/1‑68 (MQ=255) gTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGc < 1:184808/69‑1 (MQ=255) gTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGc < 1:216719/69‑1 (MQ=255) gTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGc < 1:1354563/69‑1 (MQ=255) gTAGCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGc < 1:3017769/69‑1 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:2590092/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:2701681/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:348771/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:2226018/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:2998453/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:2936068/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:1873581/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:43537/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTGTTGCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGt > 1:49840/1‑69 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGt > 1:1502284/1‑68 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGt > 1:172587/1‑68 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGt < 1:2232600/68‑1 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGt > 1:3262668/1‑68 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGt < 1:2736144/68‑1 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGt < 1:2028663/68‑1 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGt < 1:643579/68‑1 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGt < 1:34774/68‑1 (MQ=255) ggCGCTGTCTGAACAGGAGAAGTTGTACCTGGTGGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACa < 1:1236247/69‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGc < 1:2044889/52‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACa < 1:2195478/69‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACa > 1:727749/1‑68 (MQ=255) gcgcTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACa > 1:567479/1‑68 (MQ=255) gcgcTGGCTGAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACa < 1:1694192/68‑1 (MQ=255) ctggctgTACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCTCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:1462260/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCtt < 1:687063/69‑2 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:1448653/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:70620/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:2585429/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:2257079/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:3123150/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:3028124/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:1117871/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:984703/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:3287793/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:1481256/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:2056926/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:2036755/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:1990907/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:1810503/69‑1 (MQ=255) ctggctgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTa < 1:461918/69‑1 (MQ=255) tgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAg < 1:691625/68‑1 (MQ=255) tgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAg < 1:3426179/68‑1 (MQ=255) tgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAg < 1:351972/68‑1 (MQ=255) tgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAg < 1:2555266/68‑1 (MQ=255) tgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAg < 1:486571/68‑1 (MQ=255) tgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAg < 1:1459728/68‑1 (MQ=255) tgAACAGGAGAAGTTGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAg < 1:234332/68‑1 (MQ=255) tGAACCTGGTCGTGTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAGATGTTCCCTGGAAGc < 1:2759917/69‑1 (MQ=255) gAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAGATGTTCCCTGGAAGCa > 1:1620560/1‑69 (MQ=255) gAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAGATGTTCCCTGGAAGCa > 1:1601408/1‑69 (MQ=255) gAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAGATGTTCCCTGGAAGCa > 1:532306/1‑69 (MQ=255) gAACCTGGTGGTTTCGCCAGACGTCAGCGGTACGGTGTCGTTACATCTAACAGATGTTCCCTGGAAGCa > 1:1776635/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |