| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,706,462 | C→T | 32.3% | N142N (AAC→AAT) | rpe → | D‑ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,706,462 | 0 | C | T | 32.3% | 101.9 / 57.7 | 114 | N142N (AAC→AAT) | rpe | D‑ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/46); new base T (9/28); total (40/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GACACCTCTGAGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATAAACTGCGCGAAGTACGTCGCCGT > minE/2706396‑2706528 | gACACCTCTGAGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAAccc > 1:940270/1‑69 (MQ=255) aGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAAc > 1:3080297/1‑57 (MQ=255) aGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGt > 1:262329/1‑63 (MQ=255) aGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTcggc > 1:875652/1‑69 (MQ=255) aGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTcggc > 1:2446929/1‑69 (MQ=255) aGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTcggc > 1:93677/1‑69 (MQ=255) aGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTcggc > 1:1348101/1‑69 (MQ=255) aGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTcggc > 1:2765716/1‑69 (MQ=255) aGCTATCTGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGATTTcggc > 1:914007/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:2620182/67‑1 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:688052/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:60614/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:571385/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:2766021/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:1857861/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:1527658/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:2558661/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:877633/1‑69 (MQ=255) tGGATTACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGt > 1:3208455/1‑69 (MQ=255) ttACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCttt < 1:966755/69‑1 (MQ=255) ttACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCtt < 1:421324/68‑1 (MQ=255) ttACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCtt < 1:1849693/68‑1 (MQ=255) ttACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCtt < 1:234355/68‑1 (MQ=255) ttACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCtt < 1:3414256/68‑1 (MQ=255) ttACGTGATGGATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCtt < 1:3229909/68‑1 (MQ=255) ggATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTc > 1:796291/1‑68 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTTATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:1421075/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:2449831/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:2851942/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:623387/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:279889/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:2342841/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:364151/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:288916/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:3169111/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:3157203/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:239189/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:1026751/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:1272219/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:1319360/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:1394592/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:874074/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:1627386/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:824030/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:1806679/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:646305/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:631275/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:2219384/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:2190163/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCa < 1:200429/53‑1 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCa > 1:570408/1‑68 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCa > 1:1884212/1‑68 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCa > 1:675560/1‑68 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCa > 1:1311515/1‑68 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCa > 1:3079875/1‑68 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCa > 1:3192338/1‑68 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCa > 1:466888/1‑68 (MQ=255) gATAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAATCCTGGTTTCCGCGGTCa < 1:2897696/53‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGTTCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:2726990/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:818918/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:488476/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:882597/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:279057/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:970807/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:1579851/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:2486283/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:2216076/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:23994/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:2675538/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:1118966/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:2941703/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:1366260/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:1026579/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa < 1:145519/68‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAac < 1:1755221/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAac < 1:544406/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAac < 1:2690964/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAac < 1:1758974/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAac < 1:2198636/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGGATGTGATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAac < 1:2184614/69‑1 (MQ=255) tgtgATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATa < 1:2026035/68‑1 (MQ=255) tgtgATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATa < 1:1249284/68‑1 (MQ=255) tgtgATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATa < 1:977415/68‑1 (MQ=255) tgtgATCCTGCTGATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATa < 1:3022580/68‑1 (MQ=255) tgctgATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAac < 1:3134763/52‑1 (MQ=255) gctgATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCTGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa > 1:3246927/1‑50 (MQ=255) gctgATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa > 1:102800/1‑50 (MQ=255) gctgATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa > 1:3082043/1‑50 (MQ=255) gctgATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa > 1:2875481/1‑50 (MQ=255) gctgATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa > 1:3364954/1‑50 (MQ=255) gctgATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCaaa > 1:301684/1‑50 (MQ=255) gctgATGTCCGTCAACCCTGGTTTCGGAGGTCAGTCtt > 1:269523/1‑38 (MQ=255) aaCCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATAAACTGCGCGAAGTACGTCGCCGt < 1:2438336/69‑1 (MQ=255) aaCCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATAAACTGCGCGAAGTACGTCGCCGt < 1:2464445/69‑1 (MQ=255) aaCCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATAAACTGCGCGAAGTACGTCGCCGt < 1:594149/69‑1 (MQ=255) aaCCCTGGTTTCGGCGGTCAGTCTTTCATTCCTCAAACACTGGATAAACTGCGCGAAGTACGTCGCCGt < 1:1540362/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |