| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,756,156 | A→G | 35.5% | P221P (CCT→CCC) | rsmB ← | 16S rRNA m5C967 methyltransferase, S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,756,156 | 0 | A | G | 35.5% | 70.1 / 64.6 | 107 | P221P (CCT→CCC) | rsmB | 16S rRNA m5C967 methyltransferase, S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/40); new base G (5/33); total (34/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGTAGCGCATGAACAGGTGCAGGTGTTTCCAGACGTACAGCATCAGGGTAATCCG > minE/2756091‑2756211 | gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:1000503/69‑1 (MQ=255)gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:2865107/69‑1 (MQ=255)gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:2717053/69‑1 (MQ=255)gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:3326545/69‑1 (MQ=255)gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:357468/69‑1 (MQ=255)gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:515749/69‑1 (MQ=255)gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:616172/69‑1 (MQ=255)gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:1458389/69‑1 (MQ=255)gcAAGCCAGGTCATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAGGt < 1:1439190/69‑1 (MQ=255) 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1:1699539/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:1618064/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:631225/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:2165489/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:651231/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:3101814/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:753999/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:773759/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:78954/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:1385948/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:844548/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 1:922157/1‑56 (MQ=255) cATGCAACCTTGTGCTGATGCATCCTGAACGGTAACCCATCCGTCTTCAAAACCAg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |