| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,756,450 | G→A | 48.1% | R123R (CGC→CGT) | rsmB ← | 16S rRNA m5C967 methyltransferase, S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,756,450 | 0 | G | A | 48.1% | 8.7 / 92.1 | 106 | R123R (CGC→CGT) | rsmB | 16S rRNA m5C967 methyltransferase, S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/28); new base A (17/34); total (44/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TGCAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCC > minE/2756385‑2756506 | tGCAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt > 1:2698700/1‑69 (MQ=255) gCAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTa < 1:1433205/69‑1 (MQ=255) gCAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTa < 1:534359/69‑1 (MQ=255) gCAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTa < 1:1831173/69‑1 (MQ=255) gCAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTa < 1:2132172/69‑1 (MQ=255) gCAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTa < 1:1919500/69‑1 (MQ=255) cAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTaa > 1:3347733/1‑69 (MQ=255) cAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTaa > 1:2244445/1‑69 (MQ=255) aTAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATac < 1:224446/69‑1 (MQ=255) tAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATaca > 1:725185/1‑69 (MQ=255) tAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATaca > 1:384313/1‑69 (MQ=255) tAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATaca < 1:13194/69‑1 (MQ=255) gCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTa < 1:149287/58‑1 (MQ=255) aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACGGTTTATc > 1:1387994/1‑67 (MQ=255) aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATc > 1:3266021/1‑67 (MQ=255) aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCaa > 1:962769/1‑69 (MQ=255) aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCaa > 1:2660656/1‑69 (MQ=255) aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCaa > 1:1268645/1‑69 (MQ=255) aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCa > 1:3291579/1‑68 (MQ=255) aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTATATc > 1:3317353/1‑67 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:3213334/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:1294275/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:867393/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:2122120/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:202323/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:3146924/68‑3 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:2472530/43‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:122383/43‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:277698/43‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:2192675/43‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:2788511/43‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:2946089/43‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:3111019/43‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:3032041/43‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACAcc > 1:3008934/1‑51 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:2900158/1‑69 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:2011646/1‑69 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:394218/1‑69 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:3272867/1‑69 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:1771175/1‑69 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:2744062/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:2961392/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:2571836/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:25012/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:604930/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:564799/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:2353797/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:341348/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:1159358/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:90363/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:1183459/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:1820042/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:2080082/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:782035/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:1108486/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:3243064/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:2217038/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:724823/53‑1 (MQ=255) aaCTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGtt < 1:2423162/53‑1 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:3261252/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:3116577/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:1133030/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:500621/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2513501/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2936825/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2811800/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:596296/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2284221/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2216327/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2175184/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:1332157/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:862744/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:1887824/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:90237/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:919592/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:1588931/1‑53 (MQ=255) gCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGt < 1:3018353/36‑1 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGAc > 1:1684916/1‑63 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:593708/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:1037296/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:3157356/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:3057908/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:3054266/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:1699742/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:2109202/1‑69 (MQ=255) aCTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:1363903/51‑3 (MQ=255) cttGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:476676/67‑1 (MQ=255) cttGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:1023512/67‑1 (MQ=255) cttGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:2492605/67‑1 (MQ=255) 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TGCAGATAACGTGCATCACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCC > minE/2756385‑2756506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |