| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,756,465 | T→A | 33.7% | I118I (ATA→ATT) | rsmB ← | 16S rRNA m5C967 methyltransferase, S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,756,465 | 0 | T | A | 33.7% | 90.3 / 71.1 | 92 | I118I (ATA→ATT) | rsmB | 16S rRNA m5C967 methyltransferase, S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/21); new base A (17/14); total (57/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
ACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTCAGCCAGCGC > minE/2756402‑2756527 | aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACGGTTTATc > 1:1387994/1‑67 (MQ=255)aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATc > 1:3266021/1‑67 (MQ=255)aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCaa > 1:962769/1‑69 (MQ=255)aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCaa > 1:2660656/1‑69 (MQ=255)aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCaa > 1:1268645/1‑69 (MQ=255)aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCa > 1:3291579/1‑68 (MQ=255)aCTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTATATc > 1:3317353/1‑67 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:1294275/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:2122120/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:202323/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:3213334/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:867393/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:3146924/68‑3 (MQ=255) aTTAAACTCGGCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:970101/68‑3 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTa > 1:2161071/1‑56 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:1771175/1‑69 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:2011646/1‑69 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:3272867/1‑69 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:394218/1‑69 (MQ=255) aaaCTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAg > 1:2900158/1‑69 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2175184/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2936825/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2216327/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2811800/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2513501/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:1887824/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:2284221/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:3116577/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:3261252/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:1588931/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:500621/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:596296/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:1332157/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:862744/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:90237/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:1133030/1‑53 (MQ=255) ggCTAATAACTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCa > 1:919592/1‑53 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGAc > 1:1684916/1‑63 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:3057908/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:3157356/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:3054266/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:593708/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:1037296/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:1699742/1‑69 (MQ=255) aCTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTaa > 1:2109202/1‑69 (MQ=255) aCTCATCTTGCTGACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAAtccct < 1:1363903/51‑3 (MQ=255) cttGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:227503/67‑1 (MQ=255) cttGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:1023512/67‑1 (MQ=255) cttGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:476676/67‑1 (MQ=255) cttGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:2492605/67‑1 (MQ=255) gACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAATCCCTTAAGTTGCGGGCGCTTAAt < 1:2209479/58‑1 (MQ=255) gACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAATCCCTTAAGTTGCGGGCGCTTAAt < 1:1655114/58‑1 (MQ=255) gACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAATCCCTTAAGTTGCGGGCGCTTAAt < 1:1676372/58‑1 (MQ=255) gACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAATCCCTTAAGTTGCGGGCGCTTAAt < 1:1429955/58‑1 (MQ=255) gACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAATCCCTTAAGTTGCGGGCGCTTAAt < 1:606395/58‑1 (MQ=255) gACGCTGGAACTGACGTAATACACCGTTAATCAATCCCTTAAGTTGCGGGCGCTTAAt < 1:1198911/58‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCTATAGCGcc < 1:3401015/67‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGcc < 1:532771/67‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGcc < 1:808027/67‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGcc < 1:317264/67‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGcc < 1:1609955/67‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACTCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag < 1:564367/68‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc > 1:2301424/1‑41 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc > 1:1275247/1‑41 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:904104/41‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc > 1:1093742/1‑41 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc > 1:471732/1‑41 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:1080820/41‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:1496447/41‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc > 1:1538745/1‑41 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc > 1:1673484/1‑41 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc > 1:3203345/1‑41 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:241712/41‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:2236155/41‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:2744949/41‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc < 1:2777855/41‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag < 1:1578717/68‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag < 1:3278586/68‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag < 1:167603/68‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag < 1:2562018/68‑1 (MQ=255) acacCGTTTATCAA‑CCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGc > 1:659244/1‑40 (MQ=39) acacCGTTTATAAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTg > 1:2330670/1‑40 (MQ=255) cacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag > 1:2223482/1‑67 (MQ=255) cacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag > 1:68508/1‑67 (MQ=255) cacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag > 1:2852746/1‑67 (MQ=255) cacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag > 1:1293409/1‑67 (MQ=255) cacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag > 1:2227417/1‑67 (MQ=255) cacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag > 1:2199691/1‑67 (MQ=255) cacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag > 1:1450301/1‑67 (MQ=255) cacCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagcaag > 1:514540/1‑67 (MQ=255) ccGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTCAGCCAgcgc > 1:2449093/1‑68 (MQ=255) ccGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTCAGCCAgcgc > 1:1826515/1‑68 (MQ=255) ttATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTcagccag < 1:1395449/61‑1 (MQ=255) | ACTGGCATTAAACTCGGCTAATAACTCTTCTTGCTGACGCTGGAACTGGCGTAATACACCGTTTATCAACCCTTTAAGTTGCGGACGCTTAATTGCGATAGCGCCTTCAACCGTTTCAGCCAGCGC > minE/2756402‑2756527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |