| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,759,854 | C→T | 21.9% | L98L (CTC→CTT) | smg → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,759,854 | 0 | C | T | 21.9% | 106.7 / 20.6 | 77 | L98L (CTC→CTT) | smg | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/10); new base T (13/4); total (63/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-02 | |||||||||||
TGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAC > minE/2759794‑2759918 | tgAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGa > 1:626551/1‑69 (MQ=255) aaagACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:3293107/4‑69 (MQ=255) aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:972833/1‑69 (MQ=255) aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:903879/1‑69 (MQ=255) aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:2166710/1‑69 (MQ=255) aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:337257/1‑69 (MQ=255) aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaa > 1:2700973/1‑68 (MQ=255) aaCGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaa > 1:176939/1‑68 (MQ=255) aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACt > 1:257288/1‑67 (MQ=255) aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1813808/1‑68 (MQ=255) aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2463365/1‑68 (MQ=255) aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2263112/1‑68 (MQ=255) aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1279677/1‑68 (MQ=255) aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1453759/1‑68 (MQ=255) aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCACGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2654051/1‑68 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGTGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:3221758/1‑69 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGaaa > 1:2534467/1‑61 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:1599572/1‑69 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:3061628/1‑69 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:1746743/1‑69 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATgg > 1:1959298/1‑67 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATTGt > 1:3378190/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3134509/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2103864/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1846463/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2235242/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3393276/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3143663/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:289756/1‑68 (MQ=255) 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ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:2018727/69‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaaa > 1:3111575/1‑50 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:2417749/1‑56 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:709709/1‑56 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:419356/1‑56 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:917910/62‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc > 1:3361434/1‑68 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1165704/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:95377/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1780765/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:3188863/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1825799/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1161432/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:2359166/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:3123933/1‑69 (MQ=255) ttttCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCgcgc > 1:310072/1‑69 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:517752/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:1249710/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:659377/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:3160170/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGCATAACGCagag > 1:2854326/1‑67 (MQ=255) 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tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:1360535/1‑69 (MQ=255) tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:650410/1‑69 (MQ=255) tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:1389383/1‑69 (MQ=255) tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:2481414/1‑69 (MQ=255) gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:524823/1‑68 (MQ=255) gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:368506/1‑68 (MQ=255) gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTAGAAc > 1:3314883/1‑68 (MQ=255) | TGAACGACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAC > minE/2759794‑2759918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |