| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,759,866 | T→C | 20.6% | T102T (ACT→ACC) | smg → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,759,866 | 0 | T | C | 20.6% | 122.8 / 23.0 | 87 | T102T (ACT→ACC) | smg | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/20); new base C (13/5); total (62/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGGATGATCTGAAATG > minE/2759800‑2759934 | aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACt > 1:257288/1‑67 (MQ=255)aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2263112/1‑68 (MQ=255)aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2463365/1‑68 (MQ=255)aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1813808/1‑68 (MQ=255)aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1279677/1‑68 (MQ=255)aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:1453759/1‑68 (MQ=255)aCTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCACGTGCTCAACCTTGAAACTc > 1:2654051/1‑68 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGTGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:3221758/1‑69 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:1599572/1‑69 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:1746743/1‑69 (MQ=255) gATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaa > 1:3061628/1‑69 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATgg > 1:1959298/1‑67 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATTGt > 1:3378190/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2759781/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2235242/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:2103864/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3143663/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1846463/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3134509/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1273290/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:289756/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:3393276/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:1494657/1‑68 (MQ=255) aGCTGTCGTGGTTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGt > 1:888069/1‑68 (MQ=255) gCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATag > 1:2887856/1‑69 (MQ=255) gTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:677303/69‑1 (MQ=255) gTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTAAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:3051129/69‑1 (MQ=255) ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:411909/69‑1 (MQ=255) ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:2356514/69‑1 (MQ=255) ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:2018727/69‑1 (MQ=255) ttCTGCTTTTCCTTGAGCAAATTCAGGTGCTTAACCTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:1588190/69‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGaaa > 1:3111575/1‑50 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:419356/1‑56 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:709709/1‑56 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGa > 1:2417749/1‑56 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGc < 1:917910/62‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc > 1:3361434/1‑68 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:2359166/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1161432/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1165704/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:3188863/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1780765/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:95377/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:1825799/1‑69 (MQ=255) tCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCt > 1:3123933/1‑69 (MQ=255) ttttCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCgcgc > 1:310072/1‑69 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:517752/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:659377/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:1249710/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:3160170/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGCATAACGCagag > 1:2854326/1‑67 (MQ=255) cAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGtt > 1:3112725/1‑68 (MQ=255) cAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGtt > 1:548476/1‑68 (MQ=255) cAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGt > 1:3124735/1‑67 (MQ=255) ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:706346/68‑1 (MQ=255) ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:1674412/68‑1 (MQ=255) ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:478591/68‑1 (MQ=255) ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:1189832/68‑1 (MQ=255) ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:2597154/68‑1 (MQ=255) ggTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:334555/68‑1 (MQ=255) gTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCg < 1:1729673/67‑1 (MQ=255) tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:1389383/1‑69 (MQ=255) tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:1360535/1‑69 (MQ=255) tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:650410/1‑69 (MQ=255) tGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:2481414/1‑69 (MQ=255) gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:524823/1‑68 (MQ=255) gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAAc > 1:368506/1‑68 (MQ=255) gCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTAGAAc > 1:3314883/1‑68 (MQ=255) aaCCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgat > 1:668685/1‑69 (MQ=255) aaCCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgat > 1:2671637/1‑69 (MQ=255) aaCCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgat > 1:3054171/1‑69 (MQ=255) aaCCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgat > 1:1048953/1‑69 (MQ=255) aaCCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgat > 1:1372079/1‑69 (MQ=255) aaCCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgat > 1:1795182/1‑69 (MQ=255) aaCCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGga > 1:2606752/1‑68 (MQ=255) ccTTGAAACCCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGc < 1:655343/35‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:2935587/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:1299839/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:756375/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg > 1:132758/1‑67 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:689291/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:1714695/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:1777088/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:637814/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:1936998/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:2412829/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg < 1:265991/67‑1 (MQ=255) cTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGgatg > 1:2878471/1‑67 (MQ=255) tCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGGATGATCTGAAATg < 1:1367045/69‑1 (MQ=255) tCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGGATGATCTGAAATg < 1:2861356/69‑1 (MQ=255) tCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGGATGATCTGAAATg < 1:899413/69‑1 (MQ=255) tCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGGATGATCTGAAATg < 1:1034764/69‑1 (MQ=255) tCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGGATGACCTGAAATg < 1:1016883/69‑1 (MQ=255) | ACTGGATGCCAGCTGCCGTGGGTTTCTGCTTTTCCTTGAGCAGATTCAGGTGCTCAACCTTGAAACTCGTGAAATGGTGATAGAGCGAGTGCTCGCGCTGGATAACGCAGAGTTCGAACTGGATGATCTGAAATG > minE/2759800‑2759934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |