| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,761,693 | G→C | 90.4% | Q169H (CAG→CAC) | aroE → | dehydroshikimate reductase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,761,693 | 0 | G | C | 90.4% | 190.7 / 8.8 | 83 | Q169H (CAG→CAC) | aroE | dehydroshikimate reductase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/2); new base C (65/10); total (71/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACTAATCGGACGGTATCCCGCGCGGAAGAGTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCAGGCGTTGAGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTAATGCAACATCCAGT > minE/2761627‑2761756 | aaCTAATCGGACGGTATCCCGCGCGGAAGAGTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCAGGc > 1:618439/1‑69 (MQ=255)aaCTAATCGGACGGTATCCCGCGCGGAAGAGTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCAGGc > 1:2135762/1‑69 (MQ=255) aCTAATCGGACGGTATCCCGCGCGGAAGAGTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCAGGCg > 1:796401/1‑69 (MQ=255) aCTAATCGGACGGTATCCCGCGCGGAAGAGTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCAGGCg > 1:1561331/1‑69 (MQ=255) aCTAATCGGACGGTATCCCGCGCGGAAGAGTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCAGGCg > 1:909651/1‑69 (MQ=255) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGGACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:1524609/1‑52 (MQ=38) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTgg > 1:806701/1‑45 (MQ=255) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:1891711/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:729685/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:3324188/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:1698965/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:3368314/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:3424170/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:3162979/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:2651586/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:2995367/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:2941605/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:1526476/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:1330661/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:1317284/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:1286485/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:865859/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:2774511/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:1216175/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATgg > 1:942727/1‑52 (MQ=39) gagTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGCTATgg > 1:112937/1‑52 (MQ=38) aaaTTGTTTGCGCCCACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:284806/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2764637/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2830843/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2824324/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2871692/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2930644/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2760528/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:3094071/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:3112387/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:3129475/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:3250781/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:369236/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:798438/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:887886/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:976264/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:1137532/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2757560/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2743187/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2723847/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:1251165/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:1253876/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2580916/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:1275804/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:1624233/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:166028/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:1723005/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2372487/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2294398/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATAGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:84765/1‑60 (MQ=255) aaaTTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGGTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCAt > 1:2758375/1‑60 (MQ=255) gTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:1546006/69‑1 (MQ=255) gTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:1109932/69‑1 (MQ=255) gTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:1786166/69‑1 (MQ=255) gTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:3316023/69‑1 (MQ=255) gTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:1666774/69‑1 (MQ=255) gTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:37001/69‑1 (MQ=255) gTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:2594928/69‑1 (MQ=255) gTTTGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:595862/69‑1 (MQ=255) tttGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:3277673/68‑1 (MQ=255) tttGCGCACACTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCat < 1:494472/68‑1 (MQ=255) cagacTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:251171/4‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGttt > 1:3395871/1‑54 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:2671152/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:1479335/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:2971507/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:1007067/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:1002766/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:2244443/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:645396/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:1546583/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:471363/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:3070614/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:317816/1‑68 (MQ=255) cacaCTGGCAGTATTCACGCGTTGGGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTaa > 1:1942846/1‑68 (MQ=255) cacTGGCAGTATTCAGGCGTTGAGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTAATGc < 1:1545687/69‑1 (MQ=255) acTGGCAGTATTCAGGCGTTGAGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTAATGCa < 1:3091947/69‑1 (MQ=255) ttCAGGCGTTGAGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTAATGCAACATCCAGt > 1:2549438/1‑68 (MQ=255) | AACTAATCGGACGGTATCCCGCGCGGAAGAGTTGGCTAAATTGTTTGCGCACACTGGCAGTATTCAGGCGTTGAGTATGGACGAACTGGAAGGTCATGAGTTTGATCTCATTATTAATGCAACATCCAGT > minE/2761627‑2761756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |