Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 2,770,615 | A→C | 33.7% | intergenic (+208/‑61) | metA → / → aceB | homoserine transsuccinylase/malate synthase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 2,770,615 | 0 | A | C | 33.7% | 70.7 / 74.3 | 95 | intergenic (+208/‑61) | metA/aceB | homoserine transsuccinylase/malate synthase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/24); new base C (27/5); total (66/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 |
TTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGA > minE/2770549‑2770679 | ttaaAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAagag < 1:228907/68‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGa < 1:1917575/69‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGa < 1:2171884/69‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGa < 1:1466506/69‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGa < 1:165073/69‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGa < 1:81681/69‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGa < 1:261734/69‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGa < 1:2672552/69‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGa < 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aaTGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGtttt < 1:3047034/68‑1 (MQ=255) aaTGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGtttt < 1:1528811/68‑1 (MQ=255) aaTGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGtttt < 1:640078/68‑1 (MQ=255) aaTGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGtttt < 1:2523449/68‑1 (MQ=255) tagtCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATc < 1:2408225/68‑1 (MQ=255) tagtCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATc < 1:1918824/68‑1 (MQ=255) tagtCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATc < 1:1059159/68‑1 (MQ=255) tagtCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATc < 1:1178328/68‑1 (MQ=255) tagtCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATc < 1:1170388/68‑1 (MQ=255) tagtCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACACTGGGGAAGTTTTCGGATc < 1:2507956/68‑1 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCg > 1:2776338/1‑38 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGt > 1:3198266/1‑46 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGAt > 1:1556981/1‑62 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:1192858/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:2585741/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:2616290/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:1025069/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:2678341/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:1134138/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:2894563/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:3126911/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:2931893/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:3096956/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:2988840/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:3039369/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:2561452/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:966830/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:458895/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:703198/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:1650278/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:655192/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:1523416/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:1379133/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:470151/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:706565/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:54354/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGCGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:738616/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTTGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:1848255/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:3181199/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:3206747/1‑67 (MQ=255) ttAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATg > 1:783553/1‑67 (MQ=255) 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1:2393450/1‑54 (MQ=255) gtgCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCgg > 1:123856/1‑54 (MQ=255) gtgCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCgg > 1:1220464/1‑54 (MQ=255) gtgCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACgag < 1:3383088/66‑1 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATg > 1:892988/1‑67 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:117460/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:1351943/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:1468616/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:2269647/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:542476/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:491349/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:2580720/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:2662104/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGa > 1:2795838/1‑68 (MQ=255) aaGAGCACAACGATCCTTAGTTCACAGTGGGGAAGATTTCTGATc > 1:2968002/1‑45 (MQ=255) | TTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGA > minE/2770549‑2770679 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |