| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,781,284 | C→A | 38.7% | T753T (ACC→ACA) | metH → | homocysteine‑N5‑methyltetrahydrofolate transmethylase, B12‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,781,284 | 0 | C | A | 38.7% | 90.7 / 91.3 | 111 | T753T (ACC→ACA) | metH | homocysteine‑N5‑methyltetrahydrofolate transmethylase, B12‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/23); new base A (27/16); total (72/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CCTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCGTGAAGGGCGACGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGTTGGTGTGGTGCTGCAATGTAACA > minE/2781218‑2781345 | ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCTCCACCg > 1:3226619/1‑68 (MQ=255)ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCg > 1:1886705/1‑68 (MQ=255)ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCg > 1:2731142/1‑68 (MQ=255)ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCg > 1:2399435/1‑68 (MQ=255)ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCg > 1:2948826/1‑68 (MQ=255)ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCg > 1:2100121/1‑68 (MQ=255)ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCg > 1:3153762/1‑68 (MQ=255)ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCg > 1:2014725/1‑68 (MQ=255)ccTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCg > 1:3309781/1‑68 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CCTCGAACCGTTTATTGAAGCCAGCAAAGAGCAGGGCAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCGTGAAGGGCGACGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGTTGGTGTGGTGCTGCAATGTAACA > minE/2781218‑2781345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |