| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,781,293 | C→T | 43.1% | G756G (GGC→GGT) | metH → | homocysteine‑N5‑methyltetrahydrofolate transmethylase, B12‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,781,293 | 0 | C | T | 43.1% | 34.2 / 77.3 | 102 | G756G (GGC→GGT) | metH | homocysteine‑N5‑methyltetrahydrofolate transmethylase, B12‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/25); new base T (27/17); total (60/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCGTGAAGGGCGACGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGTTGGTGTGGTGCTGCAATGTAACAACTACGAA > minE/2781254‑2781353 | cAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCGTGAAGGGCGACGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGt > 1:2917619/1‑69 (MQ=255) aaaaCCAACGGCAAGATGGTGATCTCCACAGTGAAGGGTGATGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGtt < 1:543048/69‑1 (MQ=255) aaaaCCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACAGTGAAGGGTGATGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGtt < 1:2629330/69‑1 (MQ=255) aaaaCCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACAGTGAAGGGTGATGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGtt < 1:3114169/69‑1 (MQ=255) aaaaCCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACAGTGAAGGGTGATGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGtt < 1:3152992/69‑1 (MQ=255) aaaaCCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACAGTGAAGGGTGATGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGtt < 1:3018241/69‑1 (MQ=255) aaaaCCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACAGTGAAGGGTGATGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGtt < 1:3288766/69‑1 (MQ=255) aaaaCCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACAGTGAAGGGTGATGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGtt < 1:3293811/69‑1 (MQ=255) aaaaCCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACAGTGAAGGGTGATGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGtt < 1:1478327/69‑1 (MQ=255) 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CAAAACCAACGGCAAGATGGTGATCGCCACCGTGAAGGGCGACGTCCACGACATCGGTAAAAATATCGTTGGTGTGGTGCTGCAATGTAACAACTACGAA > minE/2781254‑2781353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |