Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	2,783,591	T→C	40.7%	G221G (GGT→GGC)	yjbB →	predicted transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,783,591	0	T	C	40.7%	17.3 / 36.7	54	G221G (GGT→GGC)	yjbB	predicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (14/18);  new base C (13/9);  total (27/27)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.91e-01

AGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTG  >  minE/2783531‑2783657                                                             |                                                                   aGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            <  1:108181/69‑1 (MQ=255) aGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            <  1:320423/69‑1 (MQ=255) aGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            <  1:2349238/69‑1 (MQ=255) aGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            <  1:2109735/69‑1 (MQ=255)  ggCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            <  1:3142780/68‑1 (MQ=255)   gCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCaa                                                          <  1:901524/69‑1 (MQ=255)   gCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCaa                                                          <  1:778230/69‑1 (MQ=255)   gCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCaa                                                          <  1:624872/69‑1 (MQ=255)        aTCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            >  1:811102/1‑62 (MQ=255)        aTCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            >  1:3244585/1‑62 (MQ=255)        aTCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            >  1:2564039/1‑62 (MQ=255)        aTCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            >  1:2402256/1‑62 (MQ=255)        aTCACCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTctgct                                                               >  1:2547984/1‑59 (MQ=255)               tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTcaacaa                                                <  1:288364/67‑1 (MQ=255)               tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac                                               <  1:985115/68‑1 (MQ=255)               tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac                                               <  1:1214842/68‑1 (MQ=255)               tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac                                               <  1:1326973/68‑1 (MQ=255)               tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac                                               <  1:3194477/68‑1 (MQ=255)               tCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCaacaac                                               <  1:2722338/68‑1 (MQ=255)                 ccagTGGCGCTTTGTCTGGTGATT‑GTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:144259/65‑1 (MQ=255)                  cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:2239864/66‑1 (MQ=255)                  cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:1138270/66‑1 (MQ=255)                  cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:1897841/66‑1 (MQ=255)                  cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:1444025/66‑1 (MQ=255)                  cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:1923784/66‑1 (MQ=255)                  cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:346088/66‑1 (MQ=255)                  cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:3175105/66‑1 (MQ=255)                  cagTGGCGCTTTGTCTGGTGATTGGTGCAAACCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            <  1:2130326/66‑1 (MQ=255)                      ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGt                                            >  1:1972414/1‑64 (MQ=255)                      ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg                                        >  1:3122965/1‑68 (MQ=255)                      ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg                                        >  1:959569/1‑68 (MQ=255)                      ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg                                        >  1:649405/1‑68 (MQ=255)                      ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg                                        >  1:2149940/1‑68 (MQ=255)                      ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg                                        >  1:2967612/1‑68 (MQ=255)                      ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg                                        >  1:2255268/1‑68 (MQ=255)                      ggCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTgccg                                        >  1:2625003/1‑68 (MQ=255)                       gcgcTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTAGGTTCCGGTCTGCTGGc                                                            <  1:133873/47‑1 (MQ=255)                                         ggTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGACAATGCCGCAGCCCGCCgt                    >  1:777279/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGt                                            >  1:168117/1‑38 (MQ=37)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTcgcg              >  1:2261460/1‑68 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:2595775/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:1328671/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:1040154/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:1386568/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:279283/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:2473/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:766414/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:1809815/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:1609625/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:1152474/1‑69 (MQ=255)                                                aCCTCGGTTCCGGCCTGCTGGCGATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCgcgc             >  1:866697/1‑69 (MQ=255)                                                            gTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTctg  <  1:2545003/68‑1 (MQ=255)                                                            gTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTctg  <  1:406328/68‑1 (MQ=255)                                                            gTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTctg  <  1:3114969/68‑1 (MQ=255)                                                             |                                                                   AGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGCGCTGGGTAGTCTG  >  minE/2783531‑2783657

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑