| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,784,954 | A→G | 78.3% | T129T (ACT→ACC) | pepE ← | (alpha)‑aspartyl dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,784,954 | 0 | A | G | 78.3% | 137.0 / 26.8 | 96 | T129T (ACT→ACC) | pepE | (alpha)‑aspartyl dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/8); new base G (16/59); total (29/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
GAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACGTTTAACCAC > minE/2784891‑2785016 | gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:2773676/69‑1 (MQ=255)gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:3126269/69‑1 (MQ=255)gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:1677478/69‑1 (MQ=255)gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:1592423/69‑1 (MQ=255)gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:2832456/69‑1 (MQ=255)gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:1179461/69‑1 (MQ=255)gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:2431452/69‑1 (MQ=255)gAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:260331/69‑1 (MQ=255) aaCAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:2360240/68‑1 (MQ=255) aaCAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTgg < 1:420132/68‑1 (MQ=255) gATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGgcaa > 1:3222845/1‑68 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGt > 1:3375888/1‑57 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTggg > 1:1634734/1‑61 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:821900/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:270547/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:3153720/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:2070460/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:603603/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:1413225/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:2102614/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:2969544/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:1333582/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:12924/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:2339508/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:68580/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:835332/1‑69 (MQ=255) tAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATAGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGcaagcaag > 1:152475/1‑69 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:2273924/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:2969768/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:298977/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:3017049/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:2875099/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:3285516/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1284321/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1076763/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1059352/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:901023/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1142854/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1263953/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:3082790/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1317942/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:626125/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:3286760/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1554918/69‑1 (MQ=255) cGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAgcgc < 1:1623496/69‑1 (MQ=255) gATCGACAATCGGCATATCGTTGGT‑GTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:669273/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2939259/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:656367/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:76570/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2810794/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:99801/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1090095/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:261479/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1363061/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1556306/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2381782/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2046574/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1867563/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1744892/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:683343/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:1282861/69‑1 (MQ=255) aTCGACAATCGGCATATCGGTGGGGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:642/69‑1 (MQ=255) tCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:3203657/68‑1 (MQ=255) tCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2981352/68‑1 (MQ=255) tCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2021791/68‑1 (MQ=255) cgtcATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACa > 1:792953/4‑68 (MQ=255) cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:3271790/1‑69 (MQ=255) cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:510510/1‑69 (MQ=255) cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:346185/1‑69 (MQ=255) cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:1548067/1‑69 (MQ=255) cGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACag > 1:1092469/1‑69 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACATCGCGCCa < 1:2740720/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1360500/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1252500/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1237702/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:871211/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1080576/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:6223/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1471735/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1554787/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:515341/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1549124/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1626160/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1665863/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:1766543/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:2810990/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATGATTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGCGCGCCa < 1:48909/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAAtata < 1:2978930/59‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAAtata < 1:2861875/59‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCa > 1:2183019/1‑69 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCa > 1:2392085/1‑69 (MQ=255) tCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCa > 1:2785640/1‑69 (MQ=255) gTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACg > 1:433061/1‑69 (MQ=255) gTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACg > 1:1274766/1‑69 (MQ=255) ggtACGAATGGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGcc < 1:2793979/45‑1 (MQ=255) cGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACGTTTAACCAc > 1:2254201/1‑68 (MQ=255) | GAACAGATTTAGCGCATCGAAACCTTGCGGATCGACAATCGGCATATCGTTGGTGGTACGAATAGTTGGGCAAGCAAGGTTAGCGCCTGCGCTCCAGCCAATATACAGAGCGCCACGTTTAACCAC > minE/2784891‑2785016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |