| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,786,713 | G→A | 30.2% | T39T (ACC→ACT) | yjbD ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,786,713 | 0 | G | A | 30.2% | 110.7 / 51.9 | 112 | T39T (ACC→ACT) | yjbD | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/25); new base A (13/21); total (66/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACG > minE/2786654‑2786781 | ttCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCgg < 1:2620278/67‑1 (MQ=255)ttCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCgg < 1:2030780/67‑1 (MQ=255)ttCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCgg < 1:430105/67‑1 (MQ=255)ttCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCgg < 1:2258091/67‑1 (MQ=255)ttCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCgg < 1:330119/67‑1 (MQ=255)ttCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCgg < 1:3239677/67‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGAGCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:1205527/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:3288455/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:2577377/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:177063/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:2609843/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:2637073/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:1851463/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:2285110/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:144723/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:3363329/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:638618/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:1081167/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:866966/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCGACCATTAATTTATCGATGTACTCTTTCTTAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGt < 1:2063094/68‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTTGTc < 1:2922872/69‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTc < 1:191166/69‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTc < 1:1680173/69‑1 (MQ=255) tCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTc < 1:786486/69‑1 (MQ=255) gCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCaa < 1:2734119/68‑1 (MQ=255) cTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCgg < 1:2898112/50‑1 (MQ=255) cTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCa > 1:152874/1‑59 (MQ=255) cTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGAcc > 1:771397/1‑69 (MQ=255) cTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGAcc > 1:879513/1‑69 (MQ=255) cTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGAc > 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aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGCCCATGCGCAATc > 1:1381830/1‑69 (MQ=255) aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAAta > 1:3432726/1‑68 (MQ=255) aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATc > 1:2299591/1‑69 (MQ=255) aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATc > 1:105854/1‑69 (MQ=255) aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATc > 1:773937/1‑69 (MQ=255) aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATc > 1:811783/1‑69 (MQ=255) aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATc > 1:542014/1‑69 (MQ=255) aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATc > 1:2692867/1‑69 (MQ=255) aaTTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATc > 1:1778351/1‑69 (MQ=255) tATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCcgcg > 1:2855529/1‑69 (MQ=255) tATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCcgcg > 1:36835/1‑69 (MQ=255) tATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCcgcg > 1:218993/1‑69 (MQ=255) tGTAATCTTTGTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa > 1:2352672/1‑68 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa < 1:1290395/68‑1 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa > 1:3181158/1‑68 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa > 1:70157/1‑68 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa > 1:1382270/1‑68 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa > 1:2856901/1‑68 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa < 1:2778763/68‑1 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa > 1:1608930/1‑68 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa > 1:2153353/1‑68 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGa < 1:640521/68‑1 (MQ=255) tGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCAGCGCCCg > 1:3280606/1‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCTCCCGATcc > 1:1940131/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:3381805/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:434234/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:445843/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:1395844/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:3175990/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:1993453/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:909716/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:2322321/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTTTCGGAGTTGGTCAGTACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:1152617/2‑67 (MQ=255) ctctttcttAATGCTGTTAGTATCGGAGTTGGTCAGTa > 1:2418630/2‑38 (MQ=255) aTCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATAcgc > 1:296757/1‑41 (MQ=255) aTCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:1165207/1‑67 (MQ=255) aTCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:806970/1‑67 (MQ=255) aTCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATcc > 1:1176850/1‑67 (MQ=255) ctttcttAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCTCGCCCGATCcagc < 1:3251103/68‑1 (MQ=255) ttAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCcagcag < 1:955220/65‑1 (MQ=255) ttAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCcagcag < 1:3420285/65‑1 (MQ=255) ttAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCcagcag < 1:652237/65‑1 (MQ=255) ttAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCcagcag < 1:304037/65‑1 (MQ=255) tAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCcagcag < 1:1653501/64‑1 (MQ=255) tAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCcagcag < 1:656372/64‑1 (MQ=255) cTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTaa > 1:3218793/1‑67 (MQ=255) cTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAg > 1:1518706/1‑68 (MQ=255) cTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAg > 1:173700/1‑68 (MQ=255) cTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAg > 1:2401020/1‑68 (MQ=255) cTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAg > 1:1864634/1‑68 (MQ=255) cTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAg > 1:205323/1‑68 (MQ=255) cTGTTGGATTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGtttt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |