| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,790,053 | C→G | 22.5% | N366K (AAC→AAG) | pgi → | glucosephosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,790,053 | 0 | C | G | 22.5% | 226.1 / 60.3 | 129 | N366K (AAC→AAG) | pgi | glucosephosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/30); new base G (19/10); total (89/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGCACG > minE/2789992‑2790114 | cggcgTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTtgtg < 1:2429319/68‑1 (MQ=255)cggcgTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTtgtg < 1:2843537/68‑1 (MQ=255)cggcgTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTtgtg < 1:1736965/68‑1 (MQ=255)cggcgTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTtgtg < 1:2874315/68‑1 (MQ=255)cggcgTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTCACCGTAACGGTAACGTtgtg < 1:3127556/68‑1 (MQ=255) cTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTtgtg > 1:437766/1‑61 (MQ=255) cTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTtgtg > 1:2338337/1‑61 (MQ=255) cTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTtgtg > 1:3026920/1‑61 (MQ=255) cTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTtgtg > 1:2546622/1‑61 (MQ=255) 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1:1380209/1‑69 (MQ=255) ccAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAAGGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTg > 1:1509914/1‑69 (MQ=255) ccAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAAGGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTg > 1:1667127/1‑69 (MQ=255) ccAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAAGGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTg > 1:3420831/1‑69 (MQ=255) ccAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAAGGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTg > 1:1941365/1‑69 (MQ=255) ccAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAAGGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTg > 1:3392516/1‑69 (MQ=255) cAACGGTAAGTATGTTGCCCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGa > 1:590031/1‑69 (MQ=255) cAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTTGGGTGa > 1:795344/1‑69 (MQ=255) cAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGa > 1:3084181/1‑69 (MQ=255) cAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGa > 1:683415/1‑69 (MQ=255) cAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGa > 1:2764593/1‑69 (MQ=255) 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minE/2789992‑2790114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |