| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,797,892 | C→G | 38.6% | A426G (GCT→GGT) | dinF → | DNA‑damage‑inducible SOS response protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,797,892 | 0 | C | G | 38.6% | 55.2 / 82.1 | 88 | A426G (GCT→GGT) | dinF | DNA‑damage‑inducible SOS response protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/38); new base G (10/24); total (26/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
AGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTC > minE/2797825‑2797960 | aGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGc < 1:963224/68‑1 (MQ=255)aGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGc < 1:458323/68‑1 (MQ=255)aGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGc < 1:837169/68‑1 (MQ=255)aGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGc < 1:915107/68‑1 (MQ=255)aGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGc < 1:1358204/68‑1 (MQ=255) tGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgt < 1:509056/69‑2 (MQ=255) tGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:1917710/69‑1 (MQ=255) tGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:1850695/69‑1 (MQ=255) tGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:168181/69‑1 (MQ=255) tGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:2207858/69‑1 (MQ=255) tGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:3001348/69‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctggc > 1:2325066/1‑69 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctggc > 1:2622442/1‑69 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctggc > 1:2279599/1‑69 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctggc > 1:3431749/1‑69 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:877681/68‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:744173/68‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:2998737/68‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:654731/68‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:1741625/68‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:1185097/68‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:1956121/68‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:1970192/68‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:2941746/68‑1 (MQ=255) gccgccGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGtggctgg < 1:2720876/67‑1 (MQ=255) cgccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGTCAtt < 1:2545229/69‑1 (MQ=255) cgccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCAtt < 1:2162442/69‑1 (MQ=255) cgccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCAtt < 1:1616501/69‑1 (MQ=255) cgccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCAtt < 1:2701696/69‑1 (MQ=255) 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gccgcAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCAGTGGCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTa < 1:1231328/69‑1 (MQ=255) gcTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTgg < 1:3240529/68‑1 (MQ=255) gACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGtt > 1:984234/1‑69 (MQ=255) gACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGtt > 1:3141442/1‑69 (MQ=255) gACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGtt > 1:1276736/1‑69 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc < 1:3334847/68‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc < 1:3401221/68‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc < 1:1314970/68‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc < 1:2658139/68‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc < 1:23604/68‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc < 1:2861480/68‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc < 1:811105/68‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc > 1:3015923/1‑68 (MQ=255) cTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGGCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTtc < 1:3155584/68‑1 (MQ=255) ccGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCAtt < 1:3129840/35‑1 (MQ=255) gCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGtta < 1:1106989/49‑2 (MQ=255) gCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGtta < 1:3247867/49‑2 (MQ=255) gCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGtta < 1:2529834/49‑2 (MQ=255) gCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGtta < 1:672863/49‑2 (MQ=255) gCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGtta < 1:2078945/49‑2 (MQ=255) gCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGtta < 1:3357931/49‑2 (MQ=255) gCTGGGGAATCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGtta < 1:2733171/49‑2 (MQ=255) 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< 1:314127/69‑1 (MQ=255) aaTCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTgg > 1:1249042/1‑69 (MQ=255) aaTCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTgg > 1:2174713/1‑69 (MQ=255) aaTCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTgg > 1:1550837/1‑69 (MQ=255) aaTCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTgg > 1:1991644/1‑69 (MQ=255) aaTCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTg > 1:474547/1‑68 (MQ=255) aaTCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCG‑GGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTgg > 1:3203710/1‑68 (MQ=255) aTCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTGTGGCGTTACGTGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTggc > 1:2918466/1‑69 (MQ=255) aTCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTgg > 1:2095960/1‑36 (MQ=37) aTCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGTTACGTGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTggc > 1:103969/1‑69 (MQ=255) aTCATGGTTTGTGGCTGGCGTTAACCGTCTTTCTGGCGTTACGTGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTggc > 1:82021/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |