| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,805,450 | C→T | 40.4% | T265T (ACC→ACT) | alr → | alanine racemase 1, PLP‑binding, biosynthetic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,805,450 | 0 | C | T | 40.4% | 18.1 / 29.8 | 47 | T265T (ACC→ACT) | alr | alanine racemase 1, PLP‑binding, biosynthetic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/9); new base T (11/8); total (30/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
AAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTC > minE/2805398‑2805506 | aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGTACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:316865/1‑68 (MQ=255)aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGTTACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:2373622/1‑68 (MQ=255)aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:1160820/1‑68 (MQ=255)aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:2370230/1‑68 (MQ=255)aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:2428354/1‑68 (MQ=255)aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:3418852/1‑68 (MQ=255)aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:650674/1‑68 (MQ=255)aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTc > 1:1907941/1‑68 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:3372910/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:2468549/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:611261/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:1807869/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:2871582/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:3371831/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:3257262/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:1410845/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:1221359/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcgc > 1:3232681/1‑69 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTCGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTcg > 1:2214745/1‑68 (MQ=255) gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:2636848/68‑1 (MQ=255) gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:725969/68‑1 (MQ=255) gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:1564085/68‑1 (MQ=255) gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:2989243/68‑1 (MQ=255) gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:751293/68‑1 (MQ=255) gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:148062/68‑1 (MQ=255) gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTcgc < 1:1032275/68‑1 (MQ=255) gagCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGc < 1:3376448/69‑1 (MQ=255) gagCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGc < 1:2796486/69‑1 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGcgcgccgcgca > 1:903141/1‑67 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGcgcgccg > 1:979635/1‑64 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:405934/1‑69 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:1076064/1‑69 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:1760876/1‑69 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:1914234/1‑69 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:474804/1‑69 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:3203358/1‑69 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:3404211/1‑69 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:269590/1‑69 (MQ=255) aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGcgccgcgccg > 1:3027275/1‑69 (MQ=255) cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:1942249/69‑1 (MQ=255) cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:2320930/69‑1 (MQ=255) cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:3332911/69‑1 (MQ=255) cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:1142721/69‑1 (MQ=255) cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:961812/69‑1 (MQ=255) cGAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:3119640/69‑1 (MQ=255) agAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:1562801/68‑1 (MQ=255) gAACGTGATACTCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTc < 1:1932938/68‑1 (MQ=255) | AAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTC > minE/2805398‑2805506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |